4月17日，福建明軍的參戰部隊也基本完成了集結，水陸兩軍都已經在中左所做好了開戰前的準備。而福建官府為此所調集的各種作戰物資，也正源源不斷地送抵中左所和金門島兩處軍事基地。
近日漳州泉州的大規模人員物資調動并沒有進行掩飾，而這樣的大動作也瞞不過海峽對面的澎湖。事實上在海漢大部隊開進福建當天，就已經有消息傳回到澎湖。
海漢民團大部隊的到來對于十八芝來說絕對是一個壞到不能再壞的消息，盡管在此之前鄭芝龍等人對于局勢惡化到這樣的程度已經有了一定的預計，但心里難免都還存有一絲僥幸，認為海漢的動作或許不會這么快。當這天真正來到的時候，十八芝上上下下還是陷入到了難以抑制的恐慌之中。
在消息傳開的當天晚上，就有三艘船無緣無故地從馬公港消失了。雖然這些人沒有在離開前留下只言片語，但留下的人卻在紛紛傳說離開者就是為了逃避海漢人即將發動的進攻。十八芝的頭目們并沒有及時對這樣的傳聞進行管制，然而過了一夜之后，馬公港又少了幾條船，而這次偷偷溜走的家伙不但帶走了船，還打著鄭芝豹的名號從島上的糧倉提走了三千斤糧食。
鄭芝龍得知之后自然是大發雷霆，一面派船追捕逃走的屬下，一面將鄭芝豹叫到書房狠狠地訓斥了一通。訓完自己兄弟之后，鄭芝龍倒也沒忘了亡羊補牢，下令澎湖所有港口碼頭進行管制，沒有鄭芝龍的手令，任何人不得駕乘百料以上的海船出航。
鄭芝龍現在的處境的確十分艱難，雖然已經與各個大頭目商定了撤往海外，但撤退計劃一直未能完全定下來。毫無疑問，對岸如果知道十八芝選擇撤離，很有可能會銜尾而至，趁十八芝撤退期間發動進攻。而十八芝在澎湖有上萬屬下，加上家屬足足有三萬人上下，并不是一朝一夕就能全部撤走的。留下來墊后的，很可能就會被對岸的大軍給堵在澎湖。
為了能夠早日定下撤退的計劃，鄭芝龍不得不自己先站出來，從他的直屬人馬中抽出一千人負責墊后，而其他各家頭目則通過抽簽的形式，抽出四家來再湊一千人，總計兩千人留在澎湖主島上，作為最后一批撤離的人員。同時鄭芝龍也特地派了數艘快船前往漳泉附近海域，監視聯軍的動向。
而海峽對面的聯軍自然也沒有閑著，加緊了在海峽內的巡航力度，雙方在四月中旬的短短數天之中，就在海上交手了好幾次。不過十八芝一方明顯吃虧多一些，因為聯軍派出來巡航的船只幾乎都裝備了產自海漢的火炮，而十八芝的偵察船為求輕快，船上基本不會配備任何重武器，雙方一旦接近到一定的距離，聯軍一方的火炮就會讓十八芝的海船嘗到只能挨打不能還手的滋味。
到四月下旬，十八芝的船已經不敢在白天靠近金門島附近海域進行抵近偵察，只能選擇入夜之后才從比較遠的地方駛到近處進行觀察。這樣的偵察效果自然好不到哪里去，只能大致地判斷出聯軍一方的艦隊規模。鄭芝龍所獲得的報告，也只是三百到五百艘船這樣一個比較模糊的數字。