既然福建官府愿意主動出力解決海漢力有不逮的后勤運輸問題，那么海漢這邊也的確就沒什么其他的后顧之憂了。剩下來需要討論的，就是雙方如何在行動當中能協調一致，做到令行禁止。
這種跨陣營的指揮體系在大規模作戰中無疑是一個難題，而且此次戰場是無邊無際的大海，各支部隊之間的聯絡通信手段往往只能依靠旗語和煙火，戰場上的溝通效率也會受其影響。去年兩次在南日島海域作戰期間，海漢海軍和福建水師多數時候都是分開行動，一個很重要的原因就是因為雙方在指揮體系上的差異沒辦法在短時間內得到融合。
不過南日島戰役之后的半年多時間里，福建水師倒是有了不少機會和駐金門島的民團海軍一起合練。加上福建明軍中本來就有不少將官曾經接受過海漢的短期軍事培訓，合練起來進度倒也不慢。時至今日，提前數月到金門島與海漢海軍合練的數艘海漢造戰船已經基本能夠跟上海漢的節奏了。
但這也僅僅只是福建官府此次參戰的其中一支軍隊而已，此次將要出動參戰的船只將多達三百余艘，與海漢海軍提前進行過合練的不過十之二三。當然了，福建水師并沒有這么多戰船可用，其中有一多半是從漳泉兩州臨時征調的民船，在戰時充當運送士兵和物資的工具。而這些臨時征調的船只在此之前并沒有經過專門的訓練，福建水師所能做的也就只是派出一些水兵到這些船上去擔任領航和指揮。
如果在海上爆發大規模的混戰，這些船只未必能如臂指使地發揮出應有的作用，反倒是容易因為溝通不暢而拖了自己人的后腿。因此在開戰之前，雙方就必須要先商定一些戰時溝通、辨識身份以及處理突發狀況的辦法。
4月17日，福建明軍的參戰部隊也基本完成了集結，水陸兩軍都已經在中左所做好了開戰前的準備。而福建官府為此所調集的各種作戰物資，也正源源不斷地送抵中左所和金門島兩處軍事基地。
近日漳州泉州的大規模人員物資調動并沒有進行掩飾，而這樣的大動作也瞞不過海峽對面的澎湖。事實上在海漢大部隊開進福建當天，就已經有消息傳回到澎湖。
海漢民團大部隊的到來對于十八芝來說絕對是一個壞到不能再壞的消息，盡管在此之前鄭芝龍等人對于局勢惡化到這樣的程度已經有了一定的預計，但心里難免都還存有一絲僥幸，認為海漢的動作或許不會這么快。當這天真正來到的時候，十八芝上上下下還是陷入到了難以抑制的恐慌之中。
在消息傳開的當天晚上，就有三艘船無緣無故地從馬公港消失了。雖然這些人沒有在離開前留下只言片語，但留下的人卻在紛紛傳說離開者就是為了逃避海漢人即將發動的進攻。十八芝的頭目們并沒有及時對這樣的傳聞進行管制，然而過了一夜之后，馬公港又少了幾條船，而這次偷偷溜走的家伙不但帶走了船，還打著鄭芝豹的名號從島上的糧倉提走了三千斤糧食。