經查明,萬州火并案系碼頭轉運商張氏宗族、鹽幫首腦張家，兩家因同姓關系，在敘州促進會崛起之后,商議可挑撥局勢，從中取利，有意為促進會以及買系勢力在川內發展設置阻礙，同時利用買地的資源,竊取六姐權柄,迷惑大眾,因此利用血脈存疑的張女子后用名張翠鳳、張小鳳等，將其私下認回張家族譜,由可能的生父收為養女,同時在幕后出謀劃策，栽培她成為敘州的政治新星,掌握了一定實權之后，由張女子出面,將張家、黃家、凌家等串聯在一起,形成了中興會、復敏門等多重稱呼,但班子為一套的會道門組織。
該組織存在含糊的行動綱領和松散的組織結構,以頻繁的利益交換為主，在張女子的示意和栽培下,通過蘿卜崗、松查證等手段,事實上讓大量地主宗族家庭的子弟，躲過了衙門下鄉清算,使得當地農村的改造并不徹底，同時敘州衙門大量底層崗位也被這些子弟占據，令鄉賢換了一種形式寄存在衙門之中
同時,組織中的各個家族也利用組織，為自己牟利，因此引發了錦官城藥火案。兩案的兇嫌都是不同階段的該會，萬州火并案中關鍵人物，黃景秀的家人，確系被設局陷害，通過請托族親，買通萬州推官許利發該人后被滅口，將黃景秀未過門的嫂子一家構陷入獄，并令該女在黃家附近的窯子準備接客，同時又叮囑一名龜奴假做同情她，愿意為她傳信斡旋，于是這樣掌握了黃景秀大哥的把柄，最終釀成慘劇。該構思由張氏族長張申久在疲勞審訊中交代，因許利發已死，且其余涉案人員中，除黃景秀似乎并無他人存活，一度陷入無實證的僵局。
辦案人員在萬州張貼告示，尋找當年的龜奴，后許利發的一個小廝現經過改造在萬州賣燒餅為生線索，確認當時的確為許利發去東街窯子傳信找窯子東家囑咐辦事，記得當時東家當場找了一名機靈龜奴名叫順子的主辦此事。于是又張榜尋找東街窯子的順子，在夷陵找到改做碼頭工的順子，順子指認確有此事，從東家王福那里收到消息，特意關照過一名被賣進窯子的小姑娘。人證鏈條至此完整，而知情者有張申久、張翠鳳等兩張家宗族約七人。
萬州火并案，后續影響惡劣，如果不是使節團正好在場，力挽狂瀾，會直接影響萬州百姓對買地的印象，甚至波及白帝城民眾，為買地入川造成極大障礙，使敘州更加隔絕川外，擁有自立資本。調查小組認為定性為戰爭罪更為合適，并非簡單的刑事案件，中興會、復敏門，擁有組織政治陰謀的能力和決心，明知故犯，當予以頂格嚴懲，涉案人員要從敘州徹底清洗出去。
錦官城藥火案，定性和萬州火并案一致，存在嚴重的對抗調查，發動軍事行動傾向。此案發展相對后期，線索諸多，人證物證齊全，通過各方口供，還原事實如下黃家入會之后，因為老家身后就有礦脈，心思浮動，有采礦的念頭，于是暗地里尋找藥火工匠，同時騙聘了藥師賴豐德
情報員山子、知識教祭司李謙之以及其余情報小組反應的私蓄夷奴，傳播天花案，經查，確有其事，此事由凌家提議，張家主辦，通過張女子安插吏目在關口，所得夷人農戶，凌家、張家三七分成，但表面由凌家代持，凌家利用自己在士林間的威望，不斷為張家尋找智囊、管事，張家通過婚姻關系將他們籠絡入伙，又為他們找機會鋪路做吏目，表面財產沒有太大問題，但實則大宗財產交給姻親代持，而凌家也借此機會繼續擴大自己的土地莊園，采用分家和松散檢查的辦法來規避對地主的限制政策
根據凌家管事凌黃衣交代，這計策來源于家主讀史書，見到韃靼人傳播瘟疫的手法有感，敘州一直困擾于四境番族，并且苦于人員流動之后，敘州農戶不再愿意做佃戶，家主讀書時，曾自言自語地說，倘若能一舉兩得就好了，如今我們敘州都種了牛痘，山上的番族卻沒有，要是天公開眼，就該讓這些夷人都得了天花，又消滅了邊患，又可以利用種豆，叫這些人為我們所用。