同年底，孟珙率領萬余湖北精兵前往夔州路布防。
此時，孟珙的兄長孟璟為湖北安撫副使、知峽州，也向他求援。
面對十倍于己的敵人，孟珙深知絕對不能輕易分兵援助，必須找到一個合適的區域防守。
他準確判斷出蒙軍主力汪世顯部必取道施、黔兩州渡江，于是派兵兩千駐屯峽州，以一千兵力屯歸州其弟孟瑛以精兵五千駐松滋。作為預備隊，另一弟孟璋率精兵兩千駐守澧州，防施、黔兩州的蒙古軍隊。
孟珙的軍事防御體系部署得當，環環相扣，遙相呼應。
孟珙于京湖戰場展開的軍事行動借著孟珙的得當防御。
大宋方面捷報頻傳南向施州方面的蒙軍被孟璟部將劉義在清平擊敗，斬獲無數。
孟璟于歸州西大埡寨更是經歷一場激戰后大獲全勝，蒙軍丟盔棄甲后撤至夔州。
戰后，孟珙的爵位晉升為隨縣子。
嘉熙四年初。
孟珙通過搜集情報，探知張柔率軍在河南地區屯田，同時在鄧州、順陽積聚造船木材。
他一改“兵來將擋、水來土掩”的老方法，主動出兵騷擾，破壞蒙古的攻勢準備。
孟珙命令張英出隨州，任義出信陽軍，焦進出襄陽，分路連續襲擾蒙軍，讓蒙古無法安心屯田。
同時派遣王堅偷襲順陽，將蒙軍積聚的造船材料全部燒毀，又派遣部將張德、劉整分兵攻入蔡州，焚毀其物資。
可以說，宋軍取得了一次對蒙軍后方基地的進攻性作戰的重大勝利，把敵人的攻勢扼殺于萌芽中。
同年九月，在宋軍成功救援夔州和襲擾河南后，理宗授孟珙寧武軍節度使、四川宣撫使兼知夔州。
四十五歲的孟珙繼岳飛、畢再遇后，成為了南宋第三位旗幟性大將，并且承擔了建立四川防御體系的重任。
孟珙兼管四川后他很希望建立一支如岳家軍一般凍死不拆屋，餓死不打虜，軍紀嚴明的鐵軍。
但如之前所說宋朝由于奉行不殺大臣的國策，對于失職的前線將領處罰也不是很重，這一直阻礙著孟珙施展抱負。
殺，軍紀能立，但廟堂必定遭受非議，會更加坐實南陽書院一派想自立為王的風聲傳言，很可能他們幾人將遭受非常大的排擠。
不殺，對于行軍打仗不知何時會再次出現如趙彥吶一般重大失誤。
于是百般權衡之下，他與幾位兄弟協商一致后認定非殺不可。無非是為眾人開道，落一個身死異處的下場。
于是。
一次權開州梁棟借口乏糧擅離職守，孟珙把梁棟押解到夔州后當即斬首，以明“不許失棄寸土”之令。
經過孟珙大力整頓，以及兩年后新任四川制置使余玠的治理，四川戰局煥然一新，恢復戰斗力的宋軍一直堅持到宋亡數年后。
但這一殺，還是讓朝廷對于孟珙怨聲載道已經到了頂點，朝中文武不知誰走漏風聲，各個都拿當年孟珙在京一事，余玠張鈺幾人不盡君臣做文章，奏章中對南陽書院一脈充斥著明目張膽的排擠。
孟珙幾人得知，氣的牙后槽直嗝嗝作響“若真德秀尚在，這等斷脊之犬怎敢沖我等嚶嚶狂吠。”
好在這幾年幾人戰績斐然，朝中即使百般怨聲載道但也礙于幾人與蒙古叫戰鮮有不勝才作罷。
嘉熙三年，余玠率軍遠襲開封、河陰一帶的蒙古軍，全師而還。
嘉熙四年九月，被提升為淮東提點刑獄兼知淮安州，主持濠州以東、淮河南北一帶防務。
嘉熙四年，蒙古軍駐順陽丹江沿岸，準備造船南侵江漢。王堅潛兵燒毀其船材，自此嶄露頭角，成為宋朝又一出名將領。
之后蒙古軍攻四川，王堅隨孟珙入川御敵。
淳祐元年十一月，張鈺在釣魚臺擊斃蒙古窩闊臺汗病死，內部紛爭汗位，無暇全面部署對宋大規模戰爭，宋得以暫時休整和調整防御部署。
宋理宗命在淮東屢立戰功的的余玠為兵部侍郎、四川制置使兼知重慶府，全面負責四川防務。
淳祐元年秋，察罕再出兵安豐軍，余玠率舟師進擊，激戰四十余日，使蒙古軍潰退。
此戰后余玠憑軍功拜大理少卿，升淮東制置副使。
淳祐元年春，孟珙專任京湖安撫制置大使，后進封漢東郡侯。再加檢校少保，進封漢東郡公。淳祐四年春，又兼知江陵府。
淳祐二年，余玠任四川制置使，順路拜訪孟珙處。
孟珙認為重慶的糧草太少，慷慨地發送十萬石屯田糧給余玠作為見面禮，并派兵六千入蜀，隨時準備救援。
同年，孟珙奏請朝廷，希望為在抗蒙戰爭中犧牲的文武官員立廟，以紀念他們保衛國家的功勞，并激勵后人獻身報國。
他在岳陽的慈氏塔下，建起了一座祠堂，朝廷下旨賜名閔忠廟，每年祭奠一次殉國者。