·史料：杰斐遜落荒而逃（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
另一個讓杰斐遜在學術界風光不再的原因是埃里克·麥特里克1970年發表了一篇論文，評論了杜馬·馬隆和梅里爾·彼得森剛出版的杰斐遜的傳記。
麥特里克略帶冒犯地提出，對杰斐遜充滿崇拜、慶賀其豐功偉績的做法是否應該緩行。
他問道：“我們是否還應該考慮到杰斐遜性格中還有些特征，無論從哪個角度看都算不上英雄行為？”
這不僅僅指他（杰斐遜）對奴隸制的公開支持。身為弗吉尼亞州州長，他在美國獨立戰爭中未能組織民兵開展有效斗爭，而是在氣勢洶洶的英國部隊來臨之前，丟棄蒙蒂塞洛騎馬逃竄，這件事是否是英雄行為？
1807年的《禁運法案》（AmericanEmbargo）又是如何失敗的？
杰斐遜堅持經濟制裁會把美國從戰爭之中解救出來，全然不顧種種現象表明這種制裁的唯一作用就是摧毀美國經濟。
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·史料：杰斐遜的心結（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
杰斐遜曾在1779年到1781年任弗吉尼亞州州長，第一件事就發生在這個兩年的任期內。
此時，弗吉尼亞正處于戰時緊急狀態，經濟、后勤、政治一片混亂，在這種情況下，即便是最精明能干的政客也只會心生畏懼。杰斐遜本人喜歡安靜的書齋生活，讓他承擔州長的重任，顯得太不是時候了。
縱使杰斐遜百般努力，弗吉尼亞的經濟還是一片混亂，大陸軍在本州的征兵人數不足。杰斐遜批準弗吉尼亞最精銳的部隊遠征底特律，但徒勞無功。
很快，英國軍隊在本尼迪克特·阿諾德的率領下從切薩皮克灣長驅直入，橫掃弗吉尼亞，將首府里士滿付之一炬。
更糟的是，康華里將軍麾下一隊騎兵部隊突至夏洛茨維爾，差點在蒙蒂塞洛抓住杰斐遜。
整個弗吉尼亞都在議論杰斐遜最后一刻騎馬逃跑的可恥行為，這很不公平地暗示著他膽小怯懦，玩忽職守，讓整個州陷于英軍的鐵蹄之下。
弗吉尼亞州議會甚至通過決議，對他的行為展開調查。后來調查不了了之，最終的決議正式赦免了他的一切不當行為。
雖然戰爭的發展超出了所有人的控制，但杰斐遜作為領導人難辭其咎。失敗的污點伴隨了杰斐遜的一生，當他1796年和1800年兩次競選總統時，這些事總會再次發酵。
杰斐遜意識到自己性格敏感，不能適應危機時期人們對領導人的苛刻要求。至于這段經歷對其情感上的影響，杰斐遜向朋友吐露道：“這傷痛刺骨，一生難愈，只有進了墳墓方可了卻。”
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史料：杰斐遜的種族主義（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
一直以來，杰斐遜最令人反感的一點便是他深信黑人天生低等，無法與白人和平共處。
控方的主要觀點來自歷史學家保羅·芬克曼（PaulFinkelman），當時執教于弗吉尼亞理工大學，主要的指控是針對杰斐遜的虛偽。
芬克曼指出：“因為杰斐遜是《獨立宣言》的作者，對他在奴隸制問題上的立場做出考評時，要考慮的不是他是否優于同時代最惡劣的勢力，而是他是否領導了最優秀的那部分人。”
答案顯而易見：“杰斐遜考評不合格。”
芬克曼認為，杰斐遜是一個徹徹底底的種族主義者，在杰斐遜眼里，黑人與白人根本不可能相互平等地一起生活。并且，在廢除奴隸交易或者限制奴隸制向南部之外地區蔓延的問題上，杰斐遜并沒有表現出十分真誠的態度，他對于如何逐步實現解放奴隸的思考亦是如此。
他所鐘愛的蒙蒂塞洛和他的奢靡生活，都是奴隸們辛苦勞作換來的。
芬克曼認為，給杰斐遜冠以“自由之父”的盛名是一種誤導，說得嚴重些，甚至讓人生厭。
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·史料：杰斐遜的私生子（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）