《山海經》既記載了古代科學家的創造發明，也有他們的科學實踐活動。例如，關于農業生產，《海內經》載：“后稷是播百谷”，“叔均,是始作牛耕”。《大荒北經》載：“叔均乃為田祖。”關于手工業，《海內經》載：“義均是始為巧倕，是始作下民百巧。”關于天文、歷法，《海內經》載：“噎鳴生歲十有二。”《大荒西經》載：“帝令重獻上天，令黎邛下地。下地是生噎，處于西極，以行日月星辰之次。”諸如此類的記載不勝枚舉。有一些自然現象的記載尤其珍貴，這在其他書中是看不到的。如《海外北經》載：“鐘山之神，名曰燭陰，視為晝，暝為夜，吹為冬，呼為夏，不飲，不食，不息。息為風。身長千里。在無晵{上啟下月}之東。其為物，人面，蛇身，赤色，居鐘山下。”現在，許多學者均認為，《山海經》記載的是北極地帶半年為晝，半年為夜的極地現象，只不過是古人無法解釋這種現象，于是就用神話來解釋。這種記載無疑是寶貴的科學資料。此外，從《山海經》中，我們也可以看到古人對大地的探測活動。《海外東經》載：“帝命豎亥步，自東極至于西極，五億十選九千八百步。豎亥右手把算，左手指青丘北。”《中山經》說：“天地之東西二萬八千里，南北二萬六千里。”這些記載，數字未必確實，但已反映出中國古人的探測活動。
2．《山海經》與地理
當代歷史地理學家譚其驤指出：“《五藏山經》在《山海經》全書各部分中最為平實雅正，盡管免不了雜有一些傳聞、神話，基本上是一部反映當時真實知識的地理書。”據譚先生研究，《山經》共寫了447座山。這些山中，見于漢晉以來記載，約有140座，占總數的三分之一。其中對晉南、陜中、豫西地區記述得最詳細正確。這是研究我國古代地理的寶貴資料。《山經》往往以山為綱，以首山起，依次記敘山名、水名、距離、風俗、物產、藥物、祭祀、巫醫等，這些又是研究其他學科的寶貴材料。在《海經》中，記載了一些諸如結胸民、羽民國、厭火國、貫胸國、不死民、反舌國、三首國、長臂國、三身國、一臂國、奇肱國、丈夫國、巫咸國、女子國、軒轅國、白民國、長股國、一目國、大人國、君子國、無腸國、夸父國、黑齒國、玄股國等奇異的國家和民族，雖然這些國家和民族并非真有，只存在于傳說中，但有一定的地理學和民族學價值。
3．《山海經》與礦產
《山海經》在物質資源分布的篇幅中，對于礦產的記載尤其詳細，提及礦物產地300余處，有用礦物達100余種。因此《山海經》在礦物學分類上有突出貢獻。撰寫《中國科學技術史》的英國人李約瑟說：“《山海經》是一個名副其實的寶庫，我們可以從中學到許多古人的礦物知識。”
4．《山海經》與醫學
《山海經》記載的醫學史料、藥物知識，對研究中醫藥學的萌芽和演化尤為重要。據統計，《山海經》載錄的藥物數目，動物藥76種（其中獸類19種，鳥類27種，魚龜類30種），植物藥54種（其中木本24種，草本30種）礦物藥及其他7種，共計137種。與《詩經》不同的是，《山海經》所收載的藥物有明確的醫療效能記述。如《西山經》所載的杜衡，“食之已癭。”《中山經》所載的榮草，“食之已風”。《山海經》還記載了許多具有預防保健作用的藥物，如《中山經》記載的青耕鳥，“可以御疫。”《南山經》記載的水族鯥，“食之無腫疾”。《山海經》還記載說有的藥物具有滋補強壯作用，如《南山經》所載的祝余“食之不饑”。《西山經》所載的櫰木，“食之多力”。此外，《山海經》中還說有些藥物具有美容玉肌作用。如《中山經》所載的荀草，“服之美人色”。《中山經》所載的天嬰“可以已痤”。
《山海經》記載了包括內科、外科、眼科及預防醫學的50余種疾病的癥狀，有的被后世中醫典籍所采納。如癘、癰、癉、瘕、痔、癬、瘺、蠱、瘧、癭等，已成為中醫學的專用術語。針灸學是中華民族對世界醫學獨特的創造與貢獻。針灸的起源很早，是我國先民從砭石療法的基礎上發展而來的。《山海經·東山經》說：“又南四百里，曰高氏之山，其上多玉，其下多箴石。”所謂箴石，不僅是原始的外科醫療工具，也是我國針灸術的萌芽。從石砭、骨針、竹針到青銅及鐵針，針灸工具的進化只是標志著生產力發展的水平。《大荒北經》還記載了氣功療法。說：“繼無民，任姓。無骨子，食氣，魚。”文中所說的食氣，指的就是氣功導引。