墨菲斯來自于母體，他的思想局限于母體的安排。
到了后期，尼奧回到了萬物之源，但是戰爭依然沒有結束，所以墨菲斯整個人才蒙了。
這時候他才發現自己被騙了，他并不知道自己也是高級程序先知的一枚棋子。
自己所有的動作只是矩陣在自己潛意識中的安排，所以這個時候他的信仰崩潰了。
而女主角崔妮蒂是一個更悲催的人物，她在矩陣中的權限比墨菲斯要高，她可以復活尼奧，是這次矩陣升級的關鍵變量因素，決定這尼奧的思想行動。
崔妮蒂和尼奧的愛情，產生了矩陣不可控制的行為。這種行為進一步加劇了人工智能機器的危險，最后尼奧通過自我犧牲達成短暫的和平協議。
崔妮蒂表面上是一個自由人，其實是被高級智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告訴她她會愛上一個人，然后她就偷偷的在母體中觀察尼奧。然后假裝愛上尼奧，然后真的愛上了。
這種愛情是人類思維意識的奇妙之處，身為高級程序的先知和建筑師并不能真正的明白其中的意義，產生的行為也是他們兩個不能控制的，所以才產生了尼奧的反面程序史密斯。
尼奧是電影的主角。
他的本體是個電腦人，和千千萬個矩陣中的人一樣，他的腦部是改裝過的，他有人類的基因，電腦人的接孔，思想完全受母體的控制，他的所有行動都被母體記錄下來。
在純種人類世界中，他是被人懷疑的救世主，在錫安反抗基地并不是所有人都相信他，主流的議會就不相信他，強勢的指揮官不相信他，即便是飛船艦長中，很多人依然不相信他。
尼奧身上帶著機械大帝和矩陣的所有權限，但是這種權限必須一步步才能得到，而且必須是有順序有步驟的獲得。開始的尼奧就是個普通電腦人，渾渾噩噩的過日子。
在矩陣的虛擬世界里對于上司的訓斥逆來順受。晚上思想千千萬，早晨起來接著干，懷疑的思想雖然強烈，但是毫無作為。
而墨菲斯之所以救出尼奧的，是高級智能程序先知告訴他的。
從這一點可以看出，墨菲斯根本就是個洗腦人。
他看似有著堅定的信仰，但是不知道這種信仰的目的和來源。
這種信仰是程序先知告訴他的，先知有自己的目的。
所以墨菲斯就是個傳話人，執行者，一個自以為掌握命運的執行者，這恰恰是先知和母體的目的和設定。
現在，羅森正在思考一個問題，那就是他吞噬同化虛擬世界里的“人”，真實世界里提供思想的真實人類怎么樣了？
死了？
還是活著？
只不過沒有等他思考清楚，耳邊又傳來了一陣槍響。
“噠噠噠！”
沖鋒槍的子彈噼里啪啦打在一輛黑色轎車上，閃耀的火花飛濺四射。
即便如此，那輛車也沒有停，而是猛踩油門，在轟鳴的引擎咆哮聲里朝著羅森的方向飛速撞來。
“躲開，快躲開——！”
帶著墨鏡，留著光頭的皮衣男子墨菲斯一邊朝羅森方向跑來，一邊對準轎車猛烈開槍，臉色滿是焦急。
黑色轎車距離羅森只有十幾米，只要他想躲輕易就能躲開，只是沒有什么必要。
說時遲那時快，極速駛來的黑色轎車帶著撲面而來的狂風，直接重重撞在了羅森的身上。