如今他的老婆死的死，被擄走的擄走，他索性將林喇梅娶為側福晉，并在回去的路上借著大勝訥殷部的余威力，將鴨綠江部直接整合入自己的部落之中。
回到佛阿拉之后，看到滿目瘡痍的本城，他將本城遷移到了北側的薩爾滸城。并以討滅日寇的名義以及擊破海西女真、覆滅訥殷部之威順勢將建州5部進行整合。
建州八部原先有8部，但如今訥殷逆天覆滅，鴨綠江部又被努爾哈赤的蘇克素護部順勢吞并，建部實際上只勝6部。
棟鄂部早就已經被努爾哈赤半融入到蘇克素護部之中，前面反抗最激烈的哲陳部被努爾哈赤打的最慘，多城的部落酋長都被其討死，如今找不出有能力和努爾哈赤唱反調的存在。
完顏部的領地在蘇克素護、訥殷部和鴨綠江部之間，如今這三部都已經被努爾哈赤整合，努爾哈赤最先下手的便是完顏部。
完顏部、哲陳部沒有辦法，各氏族長老只能放棄對各城的掌握，聽后努爾哈赤新的調遣。
整合完完顏部和哲陳部之后，努爾哈赤已經實際上控制了建州女真中大部分勢力，即便渾河部依舊是半獨立的羈縻統治面對他的壓力也只能順勢接受努爾哈赤的整編。
努爾哈赤借此機會，大肆提拔此前隨他東征西討建功的中下層軍功貴族。
努爾哈赤對牛錄組織首次進行大規模改造與重建，參照女真人的勐安謀克制，規定300人為一牛錄，5牛錄為一甲喇，5甲喇為一固山，分別以牛錄額真、甲喇額真、固山額真為首領，改編后的牛錄被分別隸屬于黃、白、紅、藍四旗。
黃、白、紅、藍四旗，戰時自備甲胃為努爾哈赤作戰，平時為民從事生產。
同時他將從各旗中抽出最精銳的勐士，以黑色為旗組建了一只獨屬于自己的武裝。
這只黑旗不從事生產工作，專門為作戰而生，每一名黑旗勐士下面都有8戶奴隸或者4戶旗丁供養，身穿2層甲胃，拉20石硬弓是努爾哈赤自己的親衛力量。
努爾哈赤規定，若是黑旗丁戰死，本戶恢復原旗，但是允許他將原本配屬給他的奴隸和旗丁帶回去繼續伺候。
也就是說，這只黑旗軍每一位單拉出來都是各旗中的小頭領的存在。
這套整合他一直持續了半年，直到1594年5月才宣告完成。整合之后努爾哈赤對建州女女真的掌控力更勝，他需要找一個對手試一試手中的利刃，而這里面最合適的莫過于建州八部中唯一還沒有臣服于他的珠舍里部延邊。
收到努爾哈赤的威脅，珠舍里部部不得不向圖們江對岸的日軍求援，由花房正幸命香西佳清再次掛帥，領真田信繁等人會同鍋島直茂部湊1萬人及鮮仆從軍2萬人出會寧北上進入建州。
在與珠舍里部6000軍會和之后，雙方在哈布爾通河列陣。
努爾哈赤剛剛對建州女真進行整合，雖然甲胃普及率不足，但是部落民會用相應的顏色布條做成罩衫套在外面以示區分，遠遠的往去2萬女真軍顯得是那么的聲勢浩大。
努爾哈赤親領黑旗軍居中，左邊分別是由努爾哈赤擔任旗主的正黃旗和舒爾哈齊擔任旗主的正紅旗，右邊是褚英擔任旗主的正白旗、和穆爾哈齊統領的正藍旗。
反觀日珠聯軍這邊甲胃樣式、顏色背后的靠旗五花八門，看起來怎么都覺得像是一只烏合之眾。
在開戰之初，香西佳清就聽錯了努爾哈赤手中有3000余建州精騎，待到雙方列陣之后聽到自己的家臣匯報努爾哈赤將列鶴翼陣，騎兵位于左右兩翼之后他便大敢不好。