這日的凌晨，日本第一波攻擊機群36架九七式艦上攻擊機、36架九九式艦上轟炸機和36架零式戰斗機開始從4艘航空母艦上同時起飛。
108架艦載機在友永丈市海軍大尉的率領下出發攻擊中途島。
南云中將命令偵察機搜索東、南方向海域，第二波攻擊飛機提到飛行甲板上，準備迎擊美國艦隊。
拂曉，中途島的美軍分享瓦坎達的衛星情報后，派出的“卡塔林娜”式偵察機也發回發現日軍航空母艦的報道，法蘭克·弗萊徹海軍少將作為總指揮下令斯普魯恩斯少將立即做出反應，準備攻擊日軍航母。
清晨，日本艦載機果然向中途島發動了猛烈的攻擊。
駐扎在中途島的美軍戰斗機也全部升空，迎擊來犯的日本戰機。、美軍的轟炸機，包括了B-17型轟炸機也向日本艦隊發動還擊。
到7時整，友永丈市大尉率第一波攻擊機群準備開始返航，并向南云中將發出了需要進行第二次攻擊的電報。
7時06分，由戰斗機、魚雷機、俯沖轟炸機所組成的117架戰機，從斯普魯恩斯少將所率領的第16特混編隊大黃蜂號及企業號升空，奔向200海里外的南云艦隊。
7時10分，第一批從中途島起飛的10架美軍魚雷轟炸機出現在南云艦隊的上空。
美軍飛機排成單行，撲向日航空母艦。
友永的報告和美機的攻擊，使南云中將相信中途島的防御力量還很強，于是決定把原來準備用于對付美艦的飛機改為對中途島進行第二次轟炸。
此時，他仍然沒有發現美軍艦隊。
但美軍卻對他們的動作了如指掌。
7時15分，南云下令赤城號和加賀號將在甲板上已經裝好魚雷的飛機送下機庫，卸下魚雷換裝對地攻擊的高爆炸彈。
這個情況為瓦坎達的衛星第一時間發現。
羅杰斯下令押后的瓦坎達艦隊前進，并準備作戰。
7時30分，南云接到利根號推遲半小時起飛的一架偵察機發來的電報，距中途島約240海里的海面發現10艘美**艦。
南云命該偵察機繼續查明敵人艦隊是否擁有航空母艦，同時命令暫停對魚雷機的換彈。
就在南云等待偵察機的偵察結果時，空中再次響起了警報。
40余架從中途島起飛的美軍B-17轟炸機和俯沖轟炸機撲向南云的艦隊。由于美軍的轟炸機沒有戰斗機護航，結果很快的就被南云派出的零式戰斗機擊退。
8時15分，南云終于接到了偵察機傳來的報告：那不是特么的美軍艦隊，那是瓦坎達艦隊！
艦隊里確實有航母的存在并且是6艘。
南云？？？
他趕緊下令各艦停止裝炸彈，飛機再次送回機庫重新改裝魚雷，日本航空母艦的甲板上頓時一片混亂，為了爭取時間，卸下的炸彈，都堆放在甲板上。
8時30分，空襲中途島的第一波攻擊機群返航飛抵日本艦隊的上空。
還有那些保護航空母艦的戰斗機也需要降落加油。
煞筆了的南云頓時處于進退維谷的境地。