《阿凡達》的故事，發生在2154年。男主角叫杰克·薩利，但卻是一個雙腿癱瘓的前海軍陸戰隊員。
杰克·薩利雙腿癱瘓，整個人都非常頹廢。他活的就像行尸走肉，生命好像失去了活著的意義。
這時有人突然來找他，告知自己雙胞胎哥哥的死訊。而他為了完成哥哥的未盡事業，接受了被派遣去潘多拉星球采礦公司工作的安排。
潘多拉星球上有一種別的地方都沒有的礦物元素Unobtanium（難得素），能夠吸引人類不遠萬里來到這里拓荒的原因就是Unobtanium將徹底改變人類的能源產業。區區一公斤的難得素，就可以賣到兩千萬美金。
但是問題是，資源豐富的潘多拉星球并不適合人類生活。潘多拉的空氣對人類很致命，它充滿氨氣、甲烷、氯氣。如果不依賴別的設備，人類在這里根本無法生存。而且本土的動植物都是兇猛的掠食者，極度危險。
然而就是這樣的環境卻孕育出了一群獨特的生物，納美人。
納美族不滿人類拓荒者的到來，也不喜歡人類的機器在這個星球的土地上因為到處挖礦而留下的斑斑傷痕。
雖然潘多拉星球環境嚴酷，但人類只要帶上空氣過濾面罩，甚至可以裸露皮膚在潘多拉星球上作業。但是由于人類即使學會納威語也無法和納美人直接交流。
于是科學家們轉向了克隆技術，提出了阿凡達計劃。
人類以自身與納美人的DNA混血，通過基因工程培養出身高近三米的阿凡達，并以人類的思維控制。這個克隆納美人可以讓人類的意識進駐其中，成為人類在這個星球上自由活動的化身。
人類憑借阿凡達可以不知不覺中潛入潘多拉，并伺機采尋礦產或者與納美人進行和談。然而并不是任何人都可以操縱這個克隆納美人，只有DNA與他身上人類DNA配型相符的人才有這樣的能力。
幾年后，杰克·薩利到了潘多拉星球，杰克·薩利繼承了他哥哥遺留下來的阿凡達。實驗開始后，他憑借操控克隆納美人又能走路了。
杰克·薩利發現這里的美景簡直無法用語言來形容，高達900英尺的參天巨樹、星羅棋布飄浮在空中的群山、色彩斑斕充滿奇特植物的茂密雨林、晚上各種動植物還會發出光，就如同夢中的奇幻花園。
不過很快他就體驗到了這里的危險，一頭死神獸與他狹路相逢，在逃命過程中杰克與隊友失去了聯系。
在晚上的時候又被一群土狼襲擊，杰克奮起戰斗，在整個戰斗的過程中杰克寡不敵眾危在旦夕，危急關頭中一支箭射死了土狼，杰克得救了。救他的是納美族的公主，杰克從她口中了解到了更多潘多拉星球的知識。
納美族人一直以來都與潘多拉星球的其他物種和諧相處，過著一種簡樸天然的生活，杰克在和這個納美人女孩的相處過程中逐漸轉變了對人類來這里采礦的看法，他意識到已經找到值得為之戰斗的東西了。
不過杰克·薩利如果要加入納美族對抗人類入侵者的戰爭，要付出很大的代價。