傳說阿爾宙斯從虛無之地誕生，成為世界上的第一個生物。阿爾宙斯創造了世界，而后又創造出了帕路奇亞跟帝牙盧卡，分別掌管空間跟時間。阿爾宙斯身上的邪惡分裂成了冥王龍騎拉帝納。掌控著異次元的反物質能量。
接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存于現代的人類和精靈寶可夢之中的意志、知識與感情。它們生存于今天被稱為立志湖，睿智湖，心齊湖的湖泊的異空間里，被稱為湖中的傳說的寶可夢。在此期間，夢幻在精靈寶可夢世界誕生，并包含了當時及未來存在的全部寶可夢的遺傳基因。
時間過去了很久。固拉多從地底的巖漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成于臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩只超古代寶可夢終于碰面，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰斗。烈空坐最終平息了這場戰斗，并使得固拉多與蓋歐卡回到各自長眠的洞窟中。為了防止兩只超古代寶可夢再度醒來，朱紅色寶珠與靛藍色寶珠被制造，并保管于送神山。
當時，夢幻在世界各地出現，有相當多的分布數量。除此之外，精靈寶可夢世界中出現了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地區。在這場造山運動中，神奧地區的東北部出現了嚴酷山，在其中的巖漿中誕生出席多藍恩。阿爾宙斯創造了金剛寶珠、白玉寶珠和白金寶珠，之后進入了長眠之中。
許多年之后進入了史前時代（約五千年前），并出現了多種存在于那個時期的精靈寶可夢。考古學家已證實這些精靈寶可夢分布于各個陸地，在今天形成了化石并包含著精靈寶可夢的遺傳基因。這一時期可能夢幻的數量開始減少，世界上更多地存在其它種類的精靈寶可夢。除了精靈寶可夢之外，精靈寶可夢世界上還出現了人類。
在石器時代、冰河時代和鐵器時代，分別出現了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏于豐緣地區，并作為打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。
在三千年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控制并破壞了當時的實驗室。不久之后，被超夢破壞的島嶼坐擁的火山噴發破壞了島上的許多區域。喚醒了固拉多與蓋歐卡并使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在那場戰爭之后，世界各地發生了異變。由于環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。當時的邪惡組織使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。邪惡組織想要一統世界。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和邪惡組織老大進入了毀壞的世界，邪惡組織就此毀滅，可世界還在異變。
兩千九百年前，邪惡組織的舊部勢力分散成了幾個對立的組織。
其中一個邪惡組織控制了捷克雷姆跟雷西拉姆，并試圖控制酋雷姆。在強大的酋雷姆的攻擊下，這個組織破滅了。
另外一個組織則喚醒了哲爾尼亞斯和伊裴爾塔爾。
原本平靜的世界在喚醒了諸多的神獸之后，開始了大亂斗。
超夢還在狂暴階段，想要把世界毀滅。
當時來阻擋超夢的所有神獸與幻獸，都被超夢無情地摧毀。
有些數量不少的神獸與幻獸，最后還剩下了幾只，而數量稀少的神獸與幻獸，最后都絕種了。
其中最具有代表性的，便是蓋諾賽克特。
當時的蓋諾賽克特，則是人類智慧的結晶。
人類想要利用蓋諾賽克特這種人造寶可夢來發動戰爭，當做戰爭機器，可在超夢的面前，一切都顯得有些徒勞。
在諸多神獸的大肆破壞下，人類的文明漸漸消失，人類的數量也大幅度地削減。
這時，阿爾宙斯從沉睡中蘇醒，封印了超夢后，又安撫了其他暴怒的寶可夢，讓它們回到各自的空間。
由于人類與寶可夢之間存在著矛盾，阿爾宙斯為了讓這份矛盾化解，把所有的寶可夢都封印到了一個大型秘境當中。