在擊退亞神們的戰艦后，新盤古世界得到了短暫的和平與安寧，但并未持續太久，因為“天”出現了新的問題，在失去盤古大陸靈氣的滋潤后，眾神們的神力開始隨著歲月流逝，本來擁有永恒壽命的神也紛紛開始隕落。
在死亡恐懼的威脅下，“天”上的眾神重新燃起了奪回盤古大陸以重塑神力與無盡壽命的斗志，因此“天”上眾神的第二次入侵很快就到來了，這次從“天”上將領的，入侵新盤古世界的巨型戰艦也變得更多了。
但吸取了上次戰爭失敗的教訓，眾神們采取了與上一次入侵截然不同的策略，竭盡全力干擾新盤古世界的文明聯合起來，并滲透進內部瓦解他們的聯盟，而后再逐個擊破。
起初，眾神們各個擊破的戰略奏效了，新盤古大陸各大文明都陷入了內斗的戰火中，而“天”上的眾神作為戰爭商販給各大文明提供武器，不過各大文明很快就察覺到這實際上是“天”上眾神們的陰謀，于是瞞著眾神的眼睛，在私底下建立了聯盟，并采取了將計就計的應對策略。
各大文明之間的戰火雖然延綿不斷，但實際上都沒有傷及到根基，他們都在暗中保存實力，一方面不斷地獲取從“天”上眾神那里得來的科技，另一方面伺機而動，等待“天”上眾神露出狐貍尾巴，而后再聯合起來給其致命一擊。
果然，在各大文明過家家式的戰爭游戲下，“天”上眾神以為打得差不多了，自以為抓住了時機，一舉發動帶來的艦隊加入了戰爭中，不過眾神們很快便被販賣給各大文明的武器打得節節敗退。
這一戰中，“天”上的眾神損失慘重，原先入侵的十六艘戰艦被擊落了十二艘，有三艘被俘獲，剩下的那一艘極其狼狽地逃回了“天”上，此外，隕落的神與亞神也不計可數。
以至于到了最后，神王黃昏戰神親自將臨新盤古世界出手，不過在失去靈氣滋潤后，黃昏戰神的神力流失得也十分厲害，最后竟然敵不過新盤古世界十二個最強文明的領袖聯手。
這十二個擊敗黃昏戰神的文明領袖，又被后世之人稱作十二祖巫，十二祖巫雖然擊敗了黃昏戰神，不過并未徹底將其弒殺掉，黃昏戰神在逃走時，使出了神通將盤古大陸大部分的靈氣都剝落了下來，并帶回到“天”上。
重獲靈氣的“天”重新燃起了生機，而眾神們也漸漸恢復了神力以及永恒的壽命，不過失去了大部分靈氣的新盤古世界卻面臨末日，靈氣是盤古大陸上生靈們繁衍生息賴以生存的東西，所以失去靈氣對于大部分種族來說都是毀滅性的打擊。
所以為了爭奪盤古大陸上剩余的靈氣延續自身所在的部族，十二祖巫紛紛帶領自己的部族爆發戰爭，此次內戰中所有組建起來的聯盟乃至是文明都被徹底解構，每個種族都極其自私地為了得到靈氣而殘忍地將其他種族屠戮掉。
來自魔界的女魔伊娃不忍心看著盤古大陸上各大種族相互屠戮爭戰，所以用兩儀生滅陣將亡靈的怨氣轉化成了靈氣，并用周天星斗大陣使得靈氣均勻地在整個盤古大陸上流動，在靈氣稀缺的問題得到根源性的解決后，盤古大陸上各個部族也漸漸地停止了戰爭。
但是那一戰中還是使得許多弱小的種族蒙受到滅族之災，讓盤古大陸上的生靈放下廝殺屠刀的女魔伊娃也搖身一變成為了生靈們侍奉的神明，盤古大陸上的生靈把伊娃稱呼為女媧，而后世之人又把伊娃補充盤古世界靈氣的世界成為女媧補天。
伊娃除了補天之外，還做了另一件大事，那便是揉合了盤古大陸上各個種族的血脈創造人類，而人類又把自身以外的生靈，也就是盤古大陸上原先的各個種族統稱為妖。
人類雖然不像妖那樣具備強大的肉身與能力，但是人類繼承了神與魔的智慧，又因為人類的血脈中融合了萬靈之血，所以人類又自稱為萬物之靈。