努爾哈赤由此開始調查代善給予兩個前妻之子的待遇問題，發現代善之子岳托、碩托所領有的資產均比其他的異母弟弟差。因此努爾哈赤怒斥代善說，你也是前妻的兒子，何不想想我不是對你更親近嗎？你怎么就被后妻蒙蔽得虐待已長大成人的兒子呢？何況我待你一直是特選良好的部民讓你專管，你為什么就不能像我一樣將優良的部民賜給岳托、碩托呢？
努爾哈赤讓岳托、碩托與代善分家，并公開宣布廢掉代善的太子之位。
代善被廢除嗣位后，于1620年（天命五年）農歷九月二十八日，親手殺掉繼妻以向汗父謝罪，努爾哈赤要他與諸弟發誓，今后如再懷恨眾貝勒、大臣，甘愿受天地處罰。努爾哈赤寬容了代善。代善盡管被廢除了太子位，但仍得為四大貝勒之首，參與治理國政。
代善位列四大貝勒之首。
1621年（天命六年）農歷二月，代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極這四大貝勒分月值理政事。
1621年（天命六年）農歷三月，代善率領正紅旗、鑲紅旗二旗兵丁，跟隨努爾哈赤，攻克沈陽、遼陽，敗明朝總兵李秉誠等，代善與其子岳托追四十里，斬獲無數。同年農歷七月，鎮江城（今遼寧九連城）中軍陳良策潛通明將毛文龍，令別堡之民詐稱兵至，城中驚擾，陳良策乘亂執城守佟養正，殺其子佟豐年并從者六十人，叛投毛文龍。代善奉努爾哈赤之命，和莽古爾泰和督堂阿敦，領兵二千，遷移金州沿海居民于復州。同年農歷十一月，代善在銀庫取銀六萬六千兩，分賜八旗官兵。
1622年（天命七年）農歷二月，代善與皇太極率正紅旗、鑲紅旗、正白旗三旗，去義州駐防，斬殺義州拒絕降順的漢兵三千人，又將右屯衛漢民四千五百五十七丁、八千八百六十四人及馬、牛、驢三千余匹（頭），驅往金州。同年農歷四月，為示友好親密，金國汗、貝勒與來歸的蒙古諸貝勒“結成親家”，代善的親家是莽果爾額駙父子、綽爾濟、密賽、伊林秦、額布根、伊思阿布和代青之子拜音岱，其蒙古親家之多，超過阿敏等其他貝勒。他又帶領杜度貝勒、濟爾哈朗貝勒和揚古利總兵官，率兵一萬余，前往廣寧換防。
1623年（天命八年）農歷二月，代善偕二貝勒阿敏，領兵前往錦州、義州一帶，捉拿來此運糧的蒙古兵。同年農歷六月，代善奉汗命，和齋桑古等四位貝勒，帶兵二萬，前往復州鎮壓漢民起義，獲勝后返回。同月，復州復御王炳、永寧監備御李殿魁，分別向代善告密督堂烏爾古岱收受賄物，代善轉告汗父努爾哈赤。諸貝勒審理后，擬將烏爾古岱處死，并指責皇太極、德格類、濟爾哈朗、岳托四貝勒有過，請努爾哈赤懲治。努爾哈赤痛斥皇太極驕傲愚昧，諭令罰取四位貝勒牛錄。農歷八月二十日，努爾哈赤下諭，指出諸貝勒都有過錯，次日，諸貝勒上書自責。代善上書說：“當初父汗指出我的過錯，我不聽從，犯了罪，父汗與眾弟仍以禮恩養。我若不深切念此愛護，對我的過失，如僅僅偽言追悔，是我的過錯，而在心中仍認為我正確，皇天豈能寬恕我？不要忘記我的過失。我每每想起自己的過錯，后悔不已。今后我一定要摒棄惡行，勉勵自己行善。如若再有過失，我身將遭殃禍。”
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這第四點就是擁立皇太極，反遭猜忌</p>