聯合國派遣軍隊把nerv總部周圍重兵把守，但由于總部地面的一切防御和堡壘都在力天使戰斗過程中幾乎全部摧毀，只留下總部的自爆程序。
聯合國現在當務之急就是要把nerv總部所有數據保存帶走，地下中央教條區域進行封印處理，被封印的初號機也要一并帶走。
可以到后面聯合國失誤，初號機最后還是沒有被帶走。
nerv總部司令辦公室
碇源堂拿著手中的文件靜靜看，冬月耕造坐在一旁拿著棋譜一邊看一邊用手在桌子上比劃。
就在這時，加持敲門進來。
碇源堂的眼鏡反射著白光對加持問：“你們那邊處理的怎么樣？”
加持咧嘴一笑：“嗐，救災行動還在。就是轉移平民就有些困難，上面大部分區域都被反立場核化，地面污染不適合人類久留。現在的主要任務就是把平民送往其他城市擴散，nerv總部所有成員到指定時間內被聯合國護送離開這里。”
碇源堂語氣不緊不慢道：“被封印的初號機也要一同轉移，現在沒有時間把碇真嗣從初號機內脫離出來。而且如果距離下一個使徒很快到來，能應用的機體現在只有兩臺。”
其實碇源堂就是要讓第十二使徒闖入地底下的中央教條區域，從而讓六號機下去阻止。
至于為什么要讓六號機前往中央教條區域組織？
原因是六號機本身就是月球上被發現的第六個亞當。
被selle從中抽離靈魂，巨大的身軀制作如今mark.06號eva機體，靈魂則是放入一個少年的軀體，變成第一使徒——渚薰。
亞當的后代回歸亞當，莉莉絲的后代回歸莉莉絲。
第十二使徒回歸亞當也就是融合了mark.06號eva機體，在開啟第三次沖擊儀式的基礎上，還要獻祭一個使徒。
也就是把莉莉絲給殺掉，然后成功引發第三次沖擊，把全球范圍的陸地生物差不多全部凈化。
第二次沖擊凈化了海洋，第三次沖擊凈化了陸地，第四次沖擊凈化了靈魂。
在《新世紀福音戰士：q》的劇情中，出現的無頭初號機并非新生命體，而是初號機在特定狀態下的形象。
在第三次沖擊發生后，大地上出現了許多長得像eva的紅色無頭形象，被稱為“infinity”。它們是人類靈魂的物質化，因第三次沖擊被中途阻止，沒有匯聚到guf之門而形成。在外形上與初號機有相似之處，但并非真正的初號機。
初號機本身是人類補完計劃的重要組成部分，擁有成為使徒的一切潛能，其中融入了碇唯的靈魂。在《福音戰士新劇場版：q》中，初號機被封印在衛星軌道上，后被明日香和真希波奪回。
冬月耕造放下棋譜，對加持說：“在此之前，我們受selle和聯合國的調查，準備要到外面一陣子。
這段時間我們不在，就由渚薰和你一起來管理總部。”
加持問：“怎么？這么快就對你們調查了？這事情剛結束不久，后面的安排還需要你們來操作。現在就要開始了，不太合理。”
碇源堂：“沒有什么事情是合理的，初號機雖然交出去了，但他們依舊不放心。與其等待他們上門，還不如我們自己先走。”
加持無奈聳了聳肩膀：“這個活真是不輕松啊……”
碇源堂接著又安排：“天啟這個人你好好用，他可是能阻止突發事件的重要支柱力。我不在的時候你們就是最高的指揮權。”