拿到朱常洛手書的西廠組建計劃后，魏忠賢便開始對徐光啟的通州兵進行整編、擴編與改編。徐氏通州兵共942人，其中戰斗人員有672人，輜重及斥候部隊共120人，未編人員150人。
他先將150名未編人員中的112名（一個滿編標準局）編入了戰斗序列，剩下的38人則編入輜重斥候及部隊。
這樣一來，徐氏通州兵的戰斗部隊就變成了7個局，合21個旗，合63個小隊。其中百總7人，旗總21人，隊總63人。
整編完成后，魏忠賢拿著皇上的手諭去御馬監，要求掌印太監商經穎調兩千五百精銳給他。
商經穎是萬歷朝的老人，為人中正、忠誠。無論是爭國本、爭冊立、爭三王并封還是妖書案、梃擊案，他都沒參與。他秉持的理念一直都是，御馬監只忠于龍椅上的皇帝。
在收到魏忠賢送來的調令之后，商經穎立刻就去求見皇帝朱常洛。在這次短暫的面圣中，商經穎告訴朱常洛，御馬監下轄的作戰部隊只有勇士營和四衛營，這兩營禁衛加起來并算上后勤部隊才堪堪七千人出頭。要是在短時間內調走兩千五百名戰兵恐怕會出大問題。
朱常洛聽了之后深以為然，于是便命令商經穎先揀選五百精銳給魏忠賢使用。至于其余的人手，則詔令御馬監從民間新募士兵兩千五百人，等其中兩千人到后，再抽調御馬監原有精銳兩千人供魏忠賢使用。
朱常洛之所以非要抽調御馬監的人，而非錦衣衛的人去補充西廠，一是為了混淆視聽，二是因為在京錦衣衛總計不到六千人，一下子抽走三千，就算不考慮日后清查錦衣衛系統時可能發生的包庇行為，也得考慮京師的治安問題。
至于京營，......還是算了吧。
因為御馬監的招人標準很高，所以當左光斗用一封彈章引爆“東廠貪帑勒索案”時，魏忠賢才堪堪收到314個的新兵，算上之前一口氣調來的500人，西廠才擴編57個隊（剩下的是輜重及斥候部隊），滿打滿算不過110個12人小隊。
根據皇上手書的建廠計劃進行改編之后，行動單位取消“鳥銃”與“殺手”的區別，去掉原來的冠名，改冠“執行”二字。
所有的12人小隊統稱為“執行隊”，由隊總1人，刀盾兵3人，長矛兵2人，樸刀弩兵2人，樸刀火槍兵3人，火兵1人組成。
3個執行小隊組成執行小旗，設旗總1人；3個執行旗組成執行總旗，不再稱局，設總旗總（取消百總稱謂）1人；3個執行總旗組成執行中隊，設把總1人；3個執行中隊組成執行大隊，設千總1人。
因此，執行小隊12人，執行小旗37人，執行總旗112人，執行中隊337人，執行大隊1012人。
原則上，執行大隊為最大執行單位。如果遇到特殊情況需要更多人手，則西廠提督在得到皇帝的允準后，可以以執行大隊為基礎成立特別執行隊。特別執行隊成立后，西廠千總有權調動同等人數的錦衣衛，或者一個衛所的所有兵力協同辦案。
：<ahref="https://u"target="_blank">https://u</a>。手機版：<ahref="https://u"target="_blank">https://u</a></p>