九月底，朱慈烺從朝鮮使者那里確定了消息，認為滿清內部確實分裂后，分析了清軍的兵力，發現多爾袞能夠動用的兵馬已經捉襟見肘，而擺在兩淮和山東的十五萬人馬又多是明朝的降軍，便果斷決定出兵。
近些年清軍主要與西魏作戰，精銳之兵，都布置在西線，而南線的人馬大多都是原來的江北明軍。
這些兵馬，除了徐州鎮戰力很強，其余都是土雞瓦狗而已。
恰巧這時，滿清又派使者過來，許以兩淮之地，慫恿明軍攻魏，便讓明廷進一步認為滿清心虛。
有鑒于，當年黃臺吉與明朝議和之事，明朝被擺了一道。
朱慈烺提出要先接收兩淮，結果滿清使者含糊其辭，便堅定了朱慈烺出兵的決心。
這一次，他不僅要出兵，還要在風頭上蓋過西魏。
為此，南京迅速制定了計劃，聯絡明朝舊將，許以高官厚爵，策動姜襄占據河東，擋住高義歡東征，然后明軍則在內應的幫助下，迅速收取兩淮、山東，北直隸便是囊中之物。
九月二十八日，朱慈烺祭拜孝陵后，直接渡江北伐。
而在此之前，明軍諸部已經開始行動，首先是兩萬江防水師，沖入淮江，包抄淮江南岸清軍的后路，然后是江北明軍、武昌左鎮，兵分三路北伐。
左鎮十萬兵馬，攻擊壽州、潁川、霍丘，然后北上奪取亳州、歸德，黃得功五萬兵馬，出合肥收去鳳陽、泗州，高名蘅十萬大軍，出揚州，攻取淮安，然后與黃得功合兵收取徐州，入山東。
朱慈烺則在三萬捧日軍的護衛下，尾隨在三路大軍之后，提振明軍士氣。
十月初，江北的官道上，到處都是明朝的兵馬，以及押送物資的民夫。
雖然清軍對明軍已有防備，無賴江北的綠營兵大多都是墻頭草，風吹兩邊倒，還是造成了清軍防線的迅速崩潰。
江北清軍在阿濟格南下時，成群結隊的投降滿清，可是投降滿清后，滿清卻沒能滅掉南京。
他們做明軍時，是四鎮精銳，是明朝依靠的頂梁柱，可投靠滿清后，卻成了地位最低等的綠營兵，上面一群大爺不說，在綠營兵里面，也比不過北面先投的邊軍，真是氣死個人，腸子都悔青。
明軍多路北伐，黃得功一路最為迅速，三日殺到鳳陽，在內應幫助下，一日破城，斬叛將田雄，叛軍馬得功則只率千余慘兵北遁徐州。
高名蘅一路，也是一路勢如破竹，大軍直逼淮安城下。滿清敬瑾郡王尼堪，見勢不妙，眼看淮安就要被合圍，將淮安交給佟圖賴、金礪鎮守，自己則連夜撤過淮江，退往徐州組織第二條防線。
三路之中，只有左鎮一路，出了點問題，左良玉才出武昌不久，就病死在了路上。
朱慈烺讓左夢庚襲爵，又委派大學士姜曰廣前往督師，左軍在壽州稍作停留后，便繼續北上。
近兩年來，左鎮實力進一步衰落，南京在練出禁軍后，錢糧軍械都往禁軍身上堆，左鎮混個溫飽都難。
而隨著南京兵馬日益增多，左鎮也無法擁兵自重，當朱慈烺以北伐的名義，調左鎮出武昌時，左鎮只能聽從南京的調令。
這一是因為南京已經有了收拾左鎮的能力，二是左鎮在武昌實在待不下去了。
武昌的民力已經枯竭，左鎮士卒幾年沒換過甲，沒發過鞋，飯也吃不飽，不挪窩，屎都沒得吃了。
十月中旬，不到半月時間，明軍就迅速掃清淮江南岸的清軍據點，并完成了對淮安的合圍。
整個淮江南岸，只剩下淮安這塊硬骨頭，明軍將城池三面圍困，便準備開始進攻。