這番坊巷調整，明顯是以交通作為首先考慮的重點。
為此朱由檢新開了三個城門，并且規劃了各個街道，向群臣一再強調打通斷頭路。
其中目的，自然是為了將來遇到變故時，能夠更方便地出去——
他不能讓京城變成一個大牢籠，反而把自己困在里面。
（從皇宮前往各門的出城路線）
但是這樣的規劃，也讓敵人一旦打開某個城門，就能通往京城各處。
參謀部長楊嗣昌有些憂慮地道：
“如此調整街巷，城內出行是方便了，防御卻更困難。”
“每個城門的守衛，常備兵力只有一兩千人，還要留一半士兵屯墾。”
“實際可用之兵，只有不到千人。”
“臣擔心若有城門放奸人進城，在城內暢通無阻。”
朱由檢皺著眉頭，認識到這確實是個隱患。
他向楊嗣昌道：
“既如此，卿有什么辦法，能夠減輕隱患？”
楊嗣昌極力表現道：
“臣以為守衛城門的士兵，除了該門守衛外，中城九坊守衛，也要派一部份人。”
“這樣既能監督他們，也能在城門遇危時，繼續增加兵力。”
這個提議，讓朱由檢眼前一亮，對楊嗣昌大加稱贊：
“楊卿此議甚好，朕正擔心中城一坊一衛，有些浪費兵力。”
“分一部分去城門協防，再是恰當不過。”
當即就下令道：
“府軍五衛和金吾四衛，負責皇城周圍九坊，同城門九衛一般征召軍民戶，設置一兩千軍士軍戶在三環內屯墾。”
“每個衛平時出五百到一千兵守衛皇城九坊五門，并派出至少二百兵力，協防一個城門。”
這九個親軍衛所，是朱由檢打算安排在皇城周圍的。之前他還覺得一個坊一個衛有些浪費，如今楊嗣昌提出協防之策，讓他覺得一個坊一個衛，可謂恰當無比。
正好每個衛能協防一個城門，防止某個城門衛的高層叛變，偷偷打開城門。
楊嗣昌聽到皇帝的夸贊，更是努力表現，繼續道：
“還有城內各倉守衛，也要安排他們協防。”
“太倉、新太倉、南新倉、北新倉等，都要安排守衛。”
這是朱由檢忽視的一點，因為他更關心的是城門。
但是京城的各個倉庫，重要性顯而易見。
不過對各倉的守衛，他沒有直接安排一個衛。而是看向戶部尚書畢自嚴，問他道：
“現在京城的倉庫，都是如何安排？”
戶部的倉庫雖然已經分設太府寺專管，畢自嚴仍舊對此了然于心，聞言當即回道：
“京城各衛皆有倉庫，在各倉有廒和空地。”
“其中舊太倉一十一衛、南新倉八衛、海運倉六衛、新太倉七衛、北新倉五衛、大軍倉四衛、濟陽倉二衛、祿米倉二衛、西新倉四衛、大興左衛倉一衛、太平倉二衛。還有長安門倉、東安門倉、西安門倉、北安門倉四倉，合計京倉五十有六。”