朱由檢出于對他的補償，任命他擔任理藩院外交部長，同樣協理理藩院，負責梳理大明和藩國和外國的關系，尤其是爵位官職和宗教事宜。
太常寺兩個少卿，被群臣廷推萬歷四十一年進士、考上庶吉士的羅喻義和吳甡擔任。
這個衙門完全被文官當做了詹事府，成為翰林院遷轉機構。
宗正寺少卿曾楚卿，這次得到留任。他在宗室的事務上雖然沒有什么大功績，卻也沒有大錯，把宗正寺這個新設的衙門打理得井井有條。這次在承政使加銜之外，添注禮部右侍郎，級別略有升遷。
光祿寺卿范景文，在去年徹查光祿寺后，接手了一個爛攤子。他以清廉的作風，整頓了這個衙門的風氣。
和韓爌被親朋牽連入禮金案不同，范景文對親友的請求一概婉拒，甚至在門上張貼“不受囑，不受饋”六個大字，被人稱為“二不公”。
朱由檢對他頗為欣賞，這次同樣加承政使，繼續留任光祿寺。
光祿寺少卿張天麟，同樣得到留任。他是去年徹查光祿寺中，少有的被留任的官員。
此人和范景文一樣清廉自守，輔佐范景文整頓了光祿寺的風氣。被提升為左少卿，成為天啟二年進士中、職位最高的官員之一。
光祿寺右少卿，被禮部推選錢士升擔任。此人是萬歷四十四年狀元，又是翰林院出身。
他與錢象坤、錢龍錫、錢謙益并負物望，在翰林院有“四錢”之稱。
這次錢象坤成為禮部左侍郎、錢謙益成為太常寺卿，錢龍錫也眼看被起復，一時“四錢”之稱，頗是為人矚目。
錢龍錫起復得很快，接下來的鴻臚寺卿一職，就被群臣推舉他擔任。而且因為他當過南京吏部右侍郎，這次同樣被添注禮部右侍郎，成為禮部高官。
鴻臚寺左少卿劉鴻訓，因為對朱由檢頗不尊重，還私下里說什么“主上畢竟是沖主”，對朝廷新定的制度頗是不以為然。
朱由檢對他很是厭惡，前段時間讓楊所修指使楊維垣彈劾他的錯處，革職削籍為民。
接替他擔任鴻臚寺左少卿的，是萬歷四十四年榜眼賀逢圣——
在經過最初的適應后，內閣、禮部、翰林院這一系的官員，已經全面發力，把太常寺、宗正寺、光祿寺、鴻臚寺這四個衙門當成翰林官員的遷轉機構，搶占這四個衙門的官位。
還有太學祭酒一職，以前同樣是翰林官遷轉之階。在現任祭酒、萬歷三十八年榜眼馬之騏病故后，禮部官員打算推舉萬歷四十四年探花、太學司業林焊接任。
但是朱由檢卻對太學有新的想法，安排僉都御史劉宗周轉任太學祭酒，加銜正三品承政使、添注禮部右侍郎。
給林焊加了從四品參議銜，繼續擔任司業。
這樣一番調整，禮部系官員可謂大換血。
儲相人員也在確定，新一代已經開始培養出來。
禮部之后是兵部，執掌樞密院的兵部尚書袁可立，力辭兵部尚書兼職。
朱由檢從其所請，安排刑部尚書薛鳳翔，轉任兵部尚書。
這個人的能力或許不足，但是如今的兵部尚書，也不需要多強的能力。只需要幫朱由檢掌控兵部，控制武官升降。
如此一來，薛鳳翔就很適合了。這個人也是鐵桿帝黨，朱由檢需要酬勞他的功績。
長城督師朱燮元，仍舊允許回部管事，和薛鳳翔一起擔任兵部尚書，彌補他的缺陷。
兵部左侍郎一職，原本是閔夢得擔任。如今閔夢得是后勤部長，自然不能兼任這個職務了。
一些東林黨官員打算推舉南京工部尚書張鳳翔擔任，但是朱由檢在兵部事務上，是不怎么愿意使用東林黨官員的。
他在這個位置上，安排邊防部長秦士文轉任，酬勞這個勤勤懇懇的官員。
兵部右侍郎一職，朱由檢原本打算安排張鼐擔任，但是張鼐卻身體抱病，無奈轉為資政大臣。
周永春就更不可能了，他的齊黨身份，根本在朝堂上混不開。被朱由檢放在理藩院，負責外藩部事務。
最終這個兵部右侍郎一職，被群臣廷推熊明遇擔任。此人曾任提督操江，因為親近東林黨人被閹黨列入東林黨，這次被起復為兵部右侍郎，分管海軍軍政。
兵部左右侍郎分管陸海軍軍政，自此逐漸確立。