對戶部官員的清理，并沒有影響到順天府的稅制改革。
因為對順天府這一小塊地方的征稅，本來就不需要多少官員。
事實上，在清理掉那些只知貪腐的無能官吏后，順天府征稅的事情，向前推進了一大截。
司農寺卿郭允厚，更是把有產稅的征稅情況向皇帝奏報，并且和內府監一起制定了十一稅的政策，請求皇帝裁定：
“十一稅的征收，按理說是每畝征收十分之一。”
“但是各畝產量不一，需要劃下標準。”
“臣和內府監王公公商議，按照之前對軍田征收正糧的辦法，對永業田和爵田征收十一稅。”
朱由檢聞言詢問道：
“之前對軍田是如何征收正糧的？”
“和畝產的十分之一相差幾何？”
郭允厚當即回道：
“每軍受田五十畝為一分，最初畝稅一斗。”
“后來定下軍田一分正糧十二石，馀糧為本衛所官軍俸糧。”
“五十畝十二石正糧，每畝都是二斗四升。”
“當前大明田地畝產兩石多，每畝二斗四升，正好接近十一稅。”
說著自己的理由，郭允厚又補充道：
“實際征收之時，按田地肥瘠不同各有差別。”
“按原本辦法征收正糧改動最小，不用另外區別肥田瘦田，可以按以前的辦法征稅。”
“而且只繳正糧不繳余糧，已經是陛下的德政。”
“軍戶得知之后，必念陛下恩德。”
朱由檢聽著郭允厚的理由，對他這種圖省事的做法很是不滿，詢問道：
“二百多年下來，土地肥瘦是否有變化？”
“原本的荒地是不是變成了水澆地？”
“原本的水澆地是不是因為河流干涸變成了旱地？”
“這些卿都查過嗎？”
郭允厚訥訥不敢言，事實上他就是圖省事，想著按以前的辦法征稅。
但是朱由檢卻不答應，他要的是清理二百多年的積弊，把整個大明重塑一遍，才好輕裝上陣。
否則就會有李自成之類的人物完成這個任務，把整個大明打爛，重新分配土地建立新朝。
所以郭允厚的做法固然簡單，也能保證十一稅的征收，但是朱由檢卻不取，他下令道：
“所有衛所的土地，都要丈量后重新分配。”
“盡量以十五畝、三十畝這樣的面積集中分配，同時還要保障每個軍戶軍士至少有十五畝水澆地，剩下的水澆地才留給軍官分配。”
“十一稅的征收，暫且定為二斗。每年夏糧一斗，秋糧同樣一斗。”
“如果是一年一熟或兩年三熟的地方，兩稅要相應減少。”
“土地劃分為上中下三等，中田、下田要相應降低，受災時另外減稅。”