看到了火帽槍研制的可能性，朱由檢迫不及待，在武英殿召開樞密大臣會議。
這次會議，有袁可立等樞密院官員參加，還有施鳳來、徐光啟等有樞密大臣加銜的朝堂大臣。
兵科給事中因為要審核有關軍事的詔書和命令，所以同樣與會。
朱由檢首先關注了樞密院成立的進展，尤其是各部組建。
得知參謀部已經成立作戰司，由楊嗣昌率領制定作戰方案后，滿意地點了點頭，夸贊了袁可立幾句：
“樞密院成立的目的，就是為了更好的作戰。”
“作戰司是重中之重，所有機構組建都要以利于作戰為中心。”
再次強調作戰司的重要性，確定它樞密院第一司的地位。
這個司的司長，現在是副總參謀長兼任，以后也成了慣例。
除了作戰司外，參謀部最重要的是通信司。
作為主管軍令的機構，通信司對參謀部至關重要。軍事命令下發，都要經過通信司。它的下屬機構，有機要廳、通信管理廳、通信兵訓練廳、檔案室，以及通信研究所等。
朱由檢原本打算把這個機構放在錦衣衛負責的情報部，但是被兼任總參謀長的袁可立爭了過去。
考慮到參謀部對通信的依賴，朱由檢同意了這一點。打算讓通信司負責正常軍令，情報部負責秘密通信。
除此之外還有職方司，是從兵部職方司轉來的。相比原本的職責小了一些，主要負責輿圖和軍制。
它的職責，可以看做編制司，確定各地軍隊的編制和防區。
朱由檢命職方司為各地軍隊確定番號，規定所有的營級以上編制，在原本名稱之外，都要有數字番號：
“周禮曰：五卒為旅，五旅為師，五師為軍。”
“未來的大明軍隊，要按軍師旅編制。”
“軍以一位數字編號，師以兩位數字編號，旅以三位數字編號，后面再加一位數字，代表所轄的營。”
“例如東江鎮第一旅番號是331旅；它
“以此類推，給所有營級以上軍隊編號。”
“以主將姓氏稱呼的營號，以后不準再用。”
“樞密院以后要給各軍授旗，不要因為主將改動就用新旗幟。”
“下達軍令的時候，也要以番號稱之。”
這是在軍中淡化主將的影響力，樞密院官員以文官為主，自然十分贊同。
袁可立又詢問道：
“若以邊鎮為師，軍又如何設置？”
朱由檢對此早有考慮，回應道：
“軍非常設編制，只在大戰時設置。”
“平時還是以鎮為最高編制，鎮可以看做是權限更大、獨立鎮守一方的師。”
“如今遼東在和建虜大戰，遼東一帶的兵馬，可編為遼東方面軍，撤銷遼東鎮編制。”
“原遼東鎮的寧遠、錦州、塔山等總兵，麾下兵馬可編為師。”
“山海關和東江的兵馬，仍舊獨立設鎮。鎮的自主權力更大，平時獨立管轄，只在大戰時服從遼東方面軍指揮。”
這下群臣聽明白了，皇帝這是在鎮這一級之上，增設軍級編制。