此時此刻，他只嫌袁可立這樣的能臣太少，以至于很多事情，只能交給他去辦。
想著袁可立曾經平定的白蓮教之亂，朱由檢道：
“袁卿曾在山東平定白蓮教之亂，當知民間一些教會的危害。”
“這次宗教大會，朕已經讓錦衣衛內情司，對順天府一帶的教會進行摸底。”
“其中大部分順從朝廷，愿意加入太常寺組織的宗教協會。”
“但是還有一些，仍舊冥頑不靈，秘密傳播宗教。”
“甚至公然違禁，傳播白蓮教、無為教、弘陽教等教派。”
“朕打算像去年嚴厲打擊盜匪一樣，再組織一次行動。”
“由袁卿主持的戡亂委員會負責，預防發生動亂。”
非法教派的事情，朱由檢原本是沒有關注的。因為他的印象中，明末除了天啟年間的白蓮教之亂外，并沒有發生宗教上的大亂子。
但是宗教大會召開后，錦衣衛卻發現了一些非法教派的情況。傳遞上來的簡報，讓他很是憂心。
白蓮教這個一直造反的教派不用多說，無為教又名羅教，原本是被朝廷扶持對抗白蓮教的教派。如今變得和白蓮教趨同，宣傳“真空家鄉，無生父母”，在萬歷四十四年被禁。
弘陽教的情況也差不多，這個教派宣揚什么“紅陽劫盡，白陽當生”，讓朱由檢想到了太平道的“蒼天已死，黃天當立”。
它的傳播范圍不如無為教廣，但是在宦官等權貴中頗有影響。也因為此被朝廷查禁，現在是秘密傳播。
宗教大會的召開，讓這些在京城秘密傳播的教派，逐漸暴露出來。
朱由檢這一年來在宗教上動作頗多，擔心這些人利用理論不完善時的漏洞掀起叛亂，所以想組織一次，對他們進行預防性打擊。
這次行動，仍是以錦衣衛為主。但是為了預防變亂，朱由檢決定讓戡亂委員會負責。一旦出現亂子，立刻調兵鎮壓。
袁可立聽著皇帝的安排，認識到事情的重要性。的他，對這些非法教會的危害很清楚。所以他接受了這個任務，詢問道：
“有些教派牽連到外地，要不要一同打擊？”
“臣恐京城這邊動手后，那些人在地方發起叛亂。”
這也是朱由檢的擔心，讓他把這件事交給戡亂委員會的原因。
他在聽到袁可立的疑問后，立刻道：
“能打的全都打掉。”
“對于非法教會的頭目，一定嚴懲不貸。”
“參加教會的愚民，一律發配海外衛所當軍戶。”
“用他們留下的廟宇和土地，在當地建立城隍廟。”
“這件事袁卿全權操辦，一定要保證這次打擊之后，讓這些非法教會失去存在空間。”
“城隍司的人也要積極主動點，把民間的宗教信仰奪回來。”
對大明宗教體系的整頓，朱由檢是以城隍司為中心。紫閣功臣和紫閣賢臣被冊封為城隍神、土地神，也讓大明的官員，非常支持城隍司。
這次，他就打算借助打擊非法教派，進一步推廣城隍神系。
避免那些民間宗教被打擊后，因為信仰缺失，民間又誕生新的教派。
可以說，這次嚴打同樣是信仰的爭奪，讓剛剛整合的城隍神系，在民間穩固完善。
為此，朱由檢安排太常寺卿李標，同樣加入戡亂委員會。讓他組織佛道等宗教的力量，打擊非法教會。