西南山高林密、地形崎嶇，平定奢安之亂的過程說著簡單，其實卻花了很長時間。
遠在京城的朱由檢，對西南的戰事不說毫無所知，卻也只能知道個大概。
從徐本高那里收到朱燮元準備決戰、以及沐啟元暴卒是被他母親毒死后，朱由檢松了口氣，對西南發生的事情放下心來。
對朱燮元如何打仗朱由檢很放心，因為他知道歷史上奢安之亂就是這個人平定的。而且明軍的戰力強于西南土司，平叛最難的地方不在于打仗，而在于地形和后勤——
只要能管好軍隊和后勤，西南的戰事縱有小敗，也影響不了大局。
朱燮元的能力已經在平定四川時驗證過，朱由檢對他沒有任何擔心。
所以在看到朱燮元準備和奢安叛軍決戰后，朱由檢暗暗點頭，向送來情報的錦衣衛指揮使鄭士毅下令道：
“西南之事，一切委于朱燮元，傅宗龍、袁崇煥輔助。”
“朕會讓內閣下發旨意，再次明確這一點。”
“你要告訴徐本高，好好輔佐好朱燮元。除了軍法和軍功外，其它事情不要亂管。”
不知徐本高的在西南的作為，朱由檢對他還是比較信任的，但還是一再強調，約束錦衣衛不要仗著皇帝近臣身份越權——
如果他知道徐本高在貴陽曾經打算和袁崇煥一起頂走朱燮元，估計會把徐本高立刻撤職，換其他人代替。
可惜西南離得太遠，徐本高不可能把這種事情上奏，朱燮元也丟不起這個人，告訴皇帝自己無法壓伏下屬。所以三人爭奪平叛主導權的事情，只能成為他們自己知道的爭端。
不過對袁崇煥被朱燮元調去暫代云南巡撫，朱由檢還是比較認可的。覺得朱燮元這是認同袁崇煥的能力，云南巡撫以后可以讓袁崇煥擔任。
畢竟沐啟元死了之后，繼承黔國公的沐天波今年剛過十歲。云南總兵的職務，只能讓云南巡撫代攝。
袁崇煥有在遼東作戰的經歷，讓他軍政一把抓，應該能夠勝任。
對于黔國公沐啟元暴卒案的處置，朱由檢看到沐啟元是被他的母親宋夫人毒死后，猜到沐啟元暴卒的責任主要就在于他自己——
虎毒尚不食子，若非沐啟元的作為有可能為沐家帶來災難，他母親又何必毒死他？
理清這個思路，朱由檢對朱燮元、袁崇煥、徐本高三人處置了涉案的云南巡撫和巡按，同樣比較滿意。
沐啟元的事情鬧到這個地步，云南巡撫的責任逃不掉。和沐啟元對立的云南巡按余珹，就是為了安撫黔國公沐家，也得把他拿下來——
畢竟朝廷讓御史監察地方，可沒說要把地方大員逼反。余珹作為巡按御史，手段上必有不當之處，不然沐啟元不會非要殺了他。
朱由檢從這件事中，更是看出了巡按御史的職權太大、插手的地方太多，以至有些越權：
『沐啟元再怎么說也是以黔國公擔任總兵，犯錯應該由贊理軍務的巡撫處置。』
『余珹作為巡按御史，擅動一鎮總兵，險些釀成大亂。就算他出發點是好的，手段也太粗糙。』
『若非宋夫人明白事理，對沐啟元果斷處置，云南就有大亂。』
對余珹很是不滿，對云南巡撫謝存仁，朱由檢也覺得他不稱職。治下發生了這么大的事情，他這個云南巡撫竟然好似脫身在外。