事實首輔的確定，讓朱由檢輕松了許多，不再為很多小事煩心。
這讓他有更多的時間，關注其它問題。
事實上，這些日子他躲在后宮也并沒有閑著，除了和田妃一起改造樂器外，還對御馬監的勇士四衛營，做出重大改變。
最大的變化，就是勇士四衛營被他拆分成勇士營和四衛營。
勇士營主要是武道大會上的優勝者，作為將領和精銳士卒培訓。朱由檢對這些人很重視，還安排人教導不識字的人學字，讓他們他們去武學學習。
只要證明有帶兵的能力，朱由檢以后都會把他們派出去，作為自己的嫡系，分散在大明各軍。可以說勇士營的一個作用，相當于后世的教導營。
另一個作用，則是安排不擅長領兵的高手。他們沒有能力帶兵，會作為類似特種兵的精銳士卒，負責安全保衛工作、執行特殊任務。
四衛營的士兵，全部從騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛四衛中選取，作為自己的親兵，負責皇宮守衛。士兵以步兵和車兵為主，主要練習構筑工事防御。
除此之外，朱由檢還打算從勇士營和四衛營挑選將士，加上從各地衛所挑選的精銳，組成一個勇衛營。
這支兵馬，會以騎兵為主。步兵也都要會騎馬，以后配上馬匹，成為以火銃為主要兵器的騎馬步兵。作為高機動兵馬，負責外出作戰。
勇士營、勇衛營、四衛營，成為御馬監麾下，最主要的兵力。
同時，因為御馬監由太監統領，對外說是御馬監兵馬讓一些將領不太喜歡。朱由檢把三個營統稱為御營，讓他們自稱御營兵馬。向三個營派遣的宦官，也都掛上監軍和監軍使的名義，職責等同護軍校尉。
對于三個營的將領，朱由檢更是賜下令牌，讓他們能出入宮禁。讓他們和皇帝的關系更親近，也淡化了被太監統領的意味。
作為武道大會的勝利者，姬際可這個天下第一勇士統領勇士營。他的職位是朱由檢許諾的佐擊將軍，加正五品千戶銜。
勇衛營由周遇吉統領，目前職位是參將，加正四品指揮僉事銜。
四衛營統領黃得功，和周遇吉職銜相同。兩人一同進入勇士四衛營，如今各領一營兵力。
經過半個月的調整，勇士營和四衛營已經設立，勇衛營參將周遇吉更是已前往九邊，挑選衛所精銳。
五月二十日，夏至祭地之后，朱由檢召集勇士營將士，在內教場集訓。
同之前訓練巡捕營一樣，朱由檢主要訓練的是隊列，訓練他們的服從精神。
為了打壓這些人的傲氣，朱由檢做了許多準備。還讓衛尉寺卿劉僑把分散下去的巡捕營士兵召回了一些，讓有志從軍的士兵，重新加入軍隊。
這些人有的留在巡捕總隊，有的被朱由檢派去新軍作為基層軍官，幫助已經挑選好士兵的徐光啟，訓練新軍隊列。
在訓練勇士營將士前，朱由檢讓巡捕營士兵，開展了一場演練。
這場演練，是朱由檢早就吩咐下去的。衛尉寺卿劉僑，前些日子主要就是忙這些事。
他在前段時間因為《清明上河圖》吃掛落后，對皇帝的要求絲毫不敢怠慢。在皇帝要求他召集參加過訓練的巡捕營士兵演練鴛鴦陣后，他通過各種渠道請來戚家軍老兵，按照皇帝的要求，練成幾個鴛鴦陣。
如今就是按皇帝的要求，演練給勇士營將士觀看。
鴛鴦陣大名鼎鼎，是一種非常精妙的戰法。它的要點在于盾牌、狼筅和長槍的配合：以盾牌防御敵人兵器，以狼筅占據戰場空間，以長槍殺傷敵人兵力。
（《紀效新書》十四卷本鴛鴦陣圖）
戚繼光創立鴛鴦陣后，“數年屢戰，一切號令行伍，俱如圖款，毫不更易，是以每戰必全捷，而我兵不損”。經常給倭寇大量殺傷，自己的損失則寥寥無幾。
朱由檢觀看《紀效新書》學習到這種陣法后，對戚繼光的天才創意，可謂贊嘆不已。