認識到海貿的潛力之大，朱由檢很快決定，由內府監和海軍衙門航運署牽頭，成立大明航運集團。
這個航運集團的主要任務，就是完善大明沿海的航線，把南北海運徹底打通，把南方和南洋的糧食運到北方來。
這是關系到大明穩定的大政策，朱由檢看了一眼王體乾，吩咐他把自己說的話記下來：
“大明航運集團，首先要和沿海的衛所合作，在各地成立航運公司。”
“這些航運公司的任務，就是清理礁石、設置燈塔，維護當地航線。”
“每個航運公司負責一片地方，可以在合適的地方設立避風港和停靠點，對停靠的船只收取停泊費。”
“停泊的費用如何收取，鄭彩你來說說。”
聽到皇帝點自己的名，鄭彩急忙根據以前的經驗，說了個能接受的數字，又有些擔心地道：
“有地方停靠自然是好，但是臣擔心有些地方會坐地起價，甚至胡亂收稅。”
這是現實問題，朱由檢對沿海衛所的操守也沒有絲毫信心，說道：
“各地停泊費用，朕會讓大明航運集團設立一個標準，不允許他們亂收。”
“稅收方面，只要有出港的納稅證明，沿途停靠點不得收稅。只有在當地購買或販賣貨物，才在當地收稅。”
“朕會讓海關總署在各地成立分署，把沿海的一些衛所，轉為海關稅務所，專門負責收稅。”
“停靠費用，也由海關稅務所監督。有敢胡亂收取稅費的，可以去海關舉報。”
這種做法，或許無法杜絕亂收稅費，卻能讓沿海衛所有個緊箍咒，知道有人盯著他們。
未來隨著航運集團和海關總署的工作越來越完善，會減少這類事發生的概率。
同時，為了便于對各類船只收費，朱由檢思索之后，向王體乾吩咐道：
“傳令海軍衙門，在海軍學堂設立海洋研究院。”
“以艦艇專業的師生為主，設立艦船研究所。”
“研究各種噸位的船只，并且根據船只的長度和寬度，制定收費標準。”
說到這里，朱由檢想到自己先前起意攻打呂宋的事情，又下令道：
“讓艦船研究所設計幾個標準船型，鼓勵各地的商船、漁船采用，制定較低的停泊費用標準。”
“這些船只，要能遠洋航行，可以在朝廷舉行鄭和下西洋那樣的遠航時，跟隨朝廷艦隊。”
鄭芝虎聽了半天，這時終于插話道：
“臣以為戰船也要有標準。”
“西洋的船裝的炮多，現在海上經常發生炮戰，應該仿制西洋船。”
朱由檢也有這個打算，說道：
“知道如何仿制嗎？”
“有沒有具體的船型？”
鄭芝虎答不上來，鄭彩在旁說道：
“呂宋那邊的船匠多有華人。”
“臣以為可以派人去招攬，讓他們回來造船。”
朱由檢聞言大喜，說道：