十二月十九日，常朝。
在朱由檢的許可下，有關閹黨的案子，正式舉行廷鞫。
按照錦衣衛的提議，這次廷鞫的參與者，有九卿、六科、錦衣衛。其余參加常朝的臣子，則是在旁觀看。
廷鞫是在朝廷審問罪犯，魏良卿、侯國興、李永貞、田爾耕、許顯純等閹黨罪犯，都被帶了過來。
九卿之一的大理寺卿張九德，代表大理寺宣讀案卷，并按左右少卿的審判，提出處置意見。
那些被定罪的人，自然大聲喊冤。就連魏良卿都說了一番話，為自己的罪名辯解：
“吾生長田舍之間，能夠耕地就很滿足了，何知富貴？”
“只因為我是魏忠賢的侄子，便被人今日稱功、明日頌德，因此得了封拜。”
“是稱功頌德者以富貴逼我，我何罪也？”
這番話聽得群臣大怒，大理寺左少卿姚士慎道：
“肅寧伯、肅寧侯、寧國公之位，是有人逼你接受嗎？”
“你若只愿意在家鄉耕地，為何不早早回鄉？”
一時間，東林黨臣子紛紛喝罵。和魏良卿有往來的閹黨中人，也隨著附和。生怕魏良卿再說出什么事情，牽聯到他們身上。
這件事朱由檢早有預料，所以他在對魏忠賢許諾時，也直說魏良卿保不住。這個人和朝堂上很多官員有交往，他若不死，朝堂上很多人不安。
所以魏良卿的處置，很快就被定下。以“偽冒三封”為由，判處他為死罪。
侯國興是奉圣夫人客氏的兒子，險些被封爵位，被以“同謀逆孽”，同樣判了死罪。
兩人都是首逆同謀，僅次于魏忠賢、客氏這兩個首逆，罪名很快確定。
同樣被定為首逆同謀的，還有之前的秉筆太監李永貞，此人是魏忠賢心腹，參與了很多案件，同樣被定死罪。
和魏忠賢一起自縊的李朝欽、已經自殺的崔呈秀，同樣被定為首逆同謀。另有蕭惟中、劉詔兩人，涉及擅自調兵等機密，沒有讓他們發言，直接就被定罪。
這些人都定了死罪后，朝堂眾人都覺得大快人心，沒有人提出異議。
但是接下來的事情，就開始產生爭議了：
“李永貞心腹劉若愚，以刀筆謀害他人，當定為首逆同謀。”
劉若愚被朱由檢重用，已經被升為內官監掌印太監，怎么可能定死罪？
他和李實的案子，是錦衣衛故意安排的，為的就是打斷朝堂上定罪的氣勢、方便給后面的人減罪。
有朱由檢支持，劉若愚又提前有準備，辯解一番之后，便被朱由檢定為“查無實據”。又以劉若愚檢舉有功，升為秉筆太監。
這番處置，讓許多臣子心中一沉，意識到有些不妙。劉若愚在他們的參劾下不但沒有定罪，反而還被升官，成為內相之一。
這代表著，皇帝對大理寺的審判決定，并不完全認同。許多人也隱隱明白了，舉行廷鞫的用意：
『這是要推翻一些案件的審判結果啊，不知道陛下要保哪些人？』