由熊廷弼想到了楊漣，朱由檢詢問道：
“楊漣、左光斗等人的案子怎么樣了？”
“魏逆逮捕他們，是說他們收受楊鎬、熊廷弼的賄賂，這件事查清了嗎？”
劉僑回道：
“熊廷弼和楊漣雖然都是湖廣人，兩人關系卻很差。”
“熊廷弼在遼陽的時候，楊漣就上疏參劾他。”
“魏逆說楊漣收受楊鎬、熊廷弼的賄賂，純屬子虛烏有。”
熊廷弼被殺有閹黨的責任、也有東林黨的一份，這點朱由檢是知道的。
當初三法司會審，主審的時任刑部尚書王紀、左都御史鄒元標、大理寺卿周應秋。除了周應秋這個閹黨外，王紀、鄒元標都是東林黨。正是這三個人，把熊廷弼、王化貞都判處死刑。
因此聽到劉僑這些話，朱由檢面色沒有一點改變。思索之后，下令道：
“兩人案情有關，那就并案處理，以后一同平反。”
“他們都是閹黨謀害的，都要予以翻案。”
這個決定，讓劉僑等人心中驚訝，猜測皇帝的用意。
熊廷弼雖然被閹黨列入東林黨，其實卻是屬于楚黨，是楊漣參劾的對象。兩人案子合并，而且一同平反，不知道內情的，還以為兩人是一黨。實際上楊漣最被東林黨夸贊的兩件事，一是移宮、二是彈劾熊廷弼。
皇帝以案情相關為由，把兩人的案子合并。東林黨人知道了，還不像吃了個蒼蠅：
咽吧不想咽下去，吐又吐不出來。
皇帝是在警告東林黨，還是想說什么？
朱由檢其實就在警告東林黨，讓他們不要鬧事。
殺害楊漣、熊廷弼的事情，天啟皇帝的責任很大。但是朱由檢不能指責把皇位傳給自己的兄長，所以只能讓閹黨背鍋。
不過什么事都讓閹黨背鍋，可能有人不服。為了避免有人指責自己皇兄，朱由檢就把熊廷弼和楊漣等人的案子合并，提醒世人熊廷弼之死也有東林黨的一份——
熊廷弼后人想要抱怨，那就把東林黨和閹黨一起怨上。
東林黨如果不滿意，不想給熊廷弼平反，那么楊漣等人也別想翻案。因為楊漣等人被閹黨栽贓的罪名，就是收受楊鎬、熊廷弼的賄賂，牽連進了這樁死刑案。要想翻案的話，就得從根源上為熊廷弼平反。
這些想法，在朱由檢腦海中閃過。同時也讓他認識到，黨爭這種事情，是不講道德人品的。楊漣堅貞不屈，很多人都佩服他，但是再好的品德，也改變不了他曾經黨同伐異。
對這個人的遭遇很憐憫，朱由檢想到自己登極時的遭遇，有心褒揚從龍功勞，又下令道：
“楊漣在輔佐先帝登極上有功勞，蔭一子東寧衛百戶，再蔭一子入太學讀書。”
“方從哲、孫如游、劉一燝、周嘉謨、左光斗同樣按此蔭敘。”
“王安已經蔭他弟弟王元善東寧衛正千戶，張維賢在輔佐先帝和朕登極上都有功勞，蔭一子東寧衛指揮僉事。”
“其余被閹黨用移宮案陷害的，全部予以重審。”
移宮案是必須翻案的，否則沒有人愿意投靠皇帝當從龍功臣。
梃擊案、紅丸案就算了，朱由檢打算只追究當事人，不想像東林黨那樣擴大化。