護軍使的地位和巡撫相當，而且皇帝明確把遼東巡撫的民政事務交給了遼東護軍使，群臣自然按巡撫的規格推選。
因為護軍使是軍職，由兵部提出候選人。兵部尚書袁可立道：
“寧前兵備畢自肅，政績卓異，熟悉遼東事務。”
“前任遼東巡撫喻安性，因為遼東巡撫被裁撤冠帶閑住。”
“前任戶部侍郎董應舉，曾經理天津至山海屯務，成效斐然。”
“三人皆可擔任遼東護軍使。”
朱由檢對這幾人都不熟悉，覺得沒有什么不可。當即就下令道：
“喻安性、董應舉起復，列入巡撫、侍郎候選。”
“遼東護軍使，從他們三人中廷推。”
群臣思索一番，覺得遼東有這么多改變，要留個熟悉事務的人。廷推寧前兵備畢自肅，擔任遼東護軍使。
畢自肅是萬歷四十四年進士，也是畢自嚴的弟弟。想著畢自嚴進京主持戶部后，能和他更好配合，朱由檢下令道：
“遼東護軍使一職，由畢自肅擔任。”
“其所任寧前兵備以后不設，改為護軍都尉代替，由遼東護軍使直轄。”
“遼東有幾個武進士？挑選他們擔任護軍都尉，輔佐護軍使畢自肅。”
群臣面面相覷，不怎么愿意讓武進士進入護軍體系。
但是那么多護軍官職，全用文臣根本不可能，也沒有那么多文臣愿意擔任護軍都尉。
至于蔭官，他們或許愿意。但是全用蔭官的話，朝堂眾臣估計能被人罵死，說他們身為大臣，只為自家子弟考慮。
最終群臣還是決定順著皇帝的意思，挑幾個武進士擔任。
袁可立對武進士沒有多少關注，想了好一會兒，才想出幾個名字，說道：
“平遼總兵趙率教是武進士出身，多次立下戰功。”
“前任平遼總兵、掛平遼將軍印馬世龍，也是武舉出身，可以擔任護軍。”
“前任薊鎮總兵孫祖壽，也是武舉出身。他在奉命援遼時，中途被遼東經略高第傳令回防，因此被彈劾不敢戰，遭到撤職處分。”
“孫祖壽擔任固關守備時，練兵之余開辦學校。在遼東兵敗時，曾出關招攬潰兵。此人多有功績，可以起復任用。”
實在想不出多少武進士名字，袁可立又推薦道：
“陛下不應專用武進士，曾經立下功勞的遼東贊畫、兵部主事、舉人孫元化，遼東贊畫、副總兵茅元儀，皆可擔任護軍。”
朱由檢微微點頭，沒有計較這些。現在最重要的是開先例，確定武進士能擔任護軍都尉的規矩，所以他下令道：
“趙率教和馬世龍是大將，等孫承宗就任后任命，職位以后再議。”
“孫祖壽起復為山海護軍都尉，直接輔佐遼東護軍使畢自肅，和長城護軍使王之臣協調長城防御。”
“孫元化、茅元儀以前多有立功，特賜元士出身，擔任寧遠、錦州護軍都尉。”