至于國子監，袁可立直接拒絕，認為無需商談——
監生有資格直接做官，為了避免皇帝大規模任用監生，文官都會反對。
朱由檢振振有詞，說道：
“國子監和欽天監同屬于監，是監就應該歸屬內廷。”
“否則外面的人分不清，把國子監和欽天監的負責人稱為太監怎么辦？”
袁可立氣極反笑，向皇帝道：
“國子監在本朝初年稱國子學，欽天監也曾稱為太史院。”
“陛下不愿它們被稱為監，可以把它們改回去。”
“老臣絕無意見！”
朱由檢盡力爭奪，說道：
“國子監生也被稱為太學生，可以改稱太學，朕自己設立低一級的大學或學堂。”
“但是欽天監一定要劃歸內廷，留在外廷朕不放心。”
“西方傳過來的天文地理知識袁卿應該有所耳聞，現在是大變之時。”
“欽天監若是不歸朕掌控，朕只能把它廢了，再設一個新衙門。”
對西方傳過來的知識有所耳聞，知道大地是個球形，不是天圓地方。皇帝因此想完全掌握欽天監，袁可立能夠理解。
再加上皇帝雖然讓出了國子監，卻要自己設立大學。袁可立覺得如果自己不答應的話，皇帝真有可能在內廷設立新衙門，把欽天監給廢掉。
為了避免無謂的爭執，袁可立道：
“欽天監可以歸屬內廷，國子監也可以改稱太學。”
“但是陛下設立的大學，規格不能高于太學，學生也不能直接授官。”
“大學生需要參加科舉或成為太學生，才有做官資格。”
朱由檢點頭答應，知道文官絕不會答應自己隨意任命官員，所以他沒有強求。打算開設理工類大學，培養研究人才。
然后就是朱由檢最看重的、關系到自己安全的衙門：
“太醫院一定要歸屬內廷。”
“外廷管理的太醫院實在太差了，治死了幾位先帝。”
“如果袁卿不答應，朕就加強御藥房，再設一個御藥監。”
對此無話可說，袁可立自己也覺得太醫院實在太差，以至于大明需要頻繁更換皇帝。
這種無關朝廷大政、對皇帝卻非常重要的衙門，袁可立覺得沒必要爭執，既然皇帝提出，那就讓給內廷。
只是他要求皇帝接過去后，就要由內庫發放俸祿。免得皇帝胡亂任命官員，讓外廷承擔開支。
覺得太醫院能夠賺錢，朱由檢一口答應。
然后想來想去，又要加上尚寶司和中書科。袁可立對尚寶司不怎么在意，對中書科卻極為警惕，覺得皇帝有可能用它取代內閣，不愿答應此事。
但是對皇帝引用舊例，要求尚寶司、中書科等近侍官員任命取自上裁，他卻無法反對。只是提醒皇帝不能改變中書科的級別，不能違反祖訓重設中書省——
文官好不容易確立的內閣制度，不能隨意改變。
朱由檢滿口答應，說是會像起居舍人一樣，中書科中書舍人以后會挑選翰林院官員兼任，不會提升級別。
這點確定之后，內廷衙門徹底定了下來。商量來商量去，也就多了詹事府、欽天監、太醫院三個衙門。其中詹事府還已經淪為遷轉機構，根本沒有實權。
袁可立心中松了口氣，覺得皇帝要走這三個衙門完全可以接受，并不是胡亂調整。在皇帝答應不會把其它外廷衙門轉入內廷后，他決定下一次常朝上就正式提交奏疏，確定內外分別。
然后，朱由檢和袁可立才開始最初的話題，調整審判機構。
《大明會典》：
又定、東宮官、系近侍官員、任滿黜陟、取自上裁。
洪武二十六年定、尚寶司、中書舍人、系近侍官員、任滿黜陟、取自上裁。
(本章完)</p>