然而，老糊涂的撒丁國王維克托·阿馬迪厄斯三世卻是力排眾議，決定與神圣羅馬皇帝弗朗茨二世，“同呼吸、共命運”，聲稱由他本人統率大軍反擊法國。原因是法國人拒絕歸還尼斯。
奧地利的弗朗茨二世答應用據守倫巴第的奧軍支援撒丁國王，但又給他派去一位奧國將軍柯里（后被調走）指揮撒丁軍。這樣的做法，絲毫沒有增加其皮埃蒙特盟友對奧地利人的歡心。
在英國地中海艦隊圍攻科西嘉島之際，法屬地中海艦隊（土倫艦隊）在國民公會的強令下冒險出港，執行一次增援科西嘉島的作戰任務。
然而，當艦隊駛出土倫港，進入博尼法喬海峽之后，就遭遇到英國海軍的攔截。僅持續了兩個小時的炮戰過后，法國艦隊就已經徹底戰敗。
此役，土倫艦隊一下子損失了4到6艘戰艦，其中1艘擊沉，3艘被俘。另外2艘戰艦，逃到了處于中立的熱亞那港，依照國際慣例被解除武裝。其余的艦船帶著不同程度的損傷，返回了土倫港。
與此同時，英國海軍發布的戰報宣稱，整個英屬地中海艦隊在博尼法喬海峽戰役中，僅有2艘戰艦受到了輕傷，人員損失不到50。
此刻，英國地中海艦隊對法國每個港口都實行了嚴密的封鎖，反倒是距離尼斯并不遠的熱那亞中立港，對于法國來說便成了一個可資利用的補給來源。
盡管安德魯沒能，或許是不打算阻止，國民公會的這次出兵決意，但在事后，他在國會大廳嚴厲訓斥了支持出兵的“殖民地與海軍委員會”的委員們，并迫使這些不稱職的家伙主動退出了該工作委員會。隨即，安德魯就將一干聽話的議員安插了進去。
對戰敗負有直接責任的艦隊司令官特呂蓋，由于對方早早的就已投靠了安德魯，對自己人自然是高舉輕放。所謂的處罰決意，不過是將特呂蓋的職務降為“代理艦隊司令”，外加罰俸六個月。
博尼法喬海峽之戰的慘敗，再次驗證了一個亙古不變的悲慘事實：法國艦隊即便是在自己的家門口，也玩不過大英帝國的海軍。
不得不說，安德魯盡管反對這次土倫艦隊的倉促出征，但他心中也抱有一絲僥幸。等到海軍戰敗，法國又被英國地中海艦隊“啪啪打臉”之后，年輕執政官就將心中的滿腔怒火，發泄到那些鼓動出兵的議員同僚身上。
轉身之后，安德魯就借送伯爵夫人回莊園的機會，跑到莫頓基地，再度視察蒸汽船的研發情況。只是他聽到的也不是什么好消息，那是富爾頓又將一艘蒸汽船開進了瓦茲河的河底。
算起來，這已經是損失的第2艘蒸汽船了，船體本身倒是不值錢，關鍵是蒸汽發動機和螺旋槳系統。
安德魯也深知“心急吃不了熱豆腐”，在寬慰了富爾頓和他的工程師團隊過后，他隨即考慮將拿破侖提前放出來，讓猛虎翻越阿爾卑斯山，向富饒的北意大利，以及更東面的奧地利王國進軍。
作戰目的，一方面是吸引反法同盟的兵力，策應今年下半年到明年，萊茵軍團與摩澤爾軍團在美因茨地區實施的大反攻；
另一方面，是要求意大利軍團占領撒丁王國的皮埃蒙特地區，沉重打擊奧地利與意大利各諸侯國，迫使他們盡早退出反法同盟，讓英國人在地中海陷入孤立無緣的狀況。