朱載坖很清楚大明最大的問題就是保守，這點朱載坖早就發現了，大明不管是官員還是文人，都是比較保守的，他們認為大明這塊土地就是最好的了，其他地方不過都是些蠻荒之地，所以很多人對于大明大規模去開疆拓土其實是很反對的，朱載坖在這次的恩科和制科中所出的考題都是天下大治之道。
應試的考生們所回答的主要方面都是在于內政，要是休養生息，寬以待民，發展生產等等，朱載坖從不否認內政的重要性，事實上朱載坖也非常重視內政，即位二十年以來，朱載坖也說得上是孜孜求治了，實行了各種新政，但是從這兩次考試的反應來看，雖然大明采取了開放海禁的政策，大明和南洋、西洋有了接觸，但是整個大明的士子階層仍舊是相對保守的，這點是朱載坖現在比較擔心的問題。
朱載坖并沒有立即解決此事，朱載坖原本以為，隨著大明實施開放海禁的政策，整個國家的風氣會變得更加開放，現在看來，朱載坖將此事想的過于樂觀了，整個大明的社會風氣仍舊是非常保守的，尤其是這些官僚們，作為大明統治階級，盡管開海給大明帶來了巨大的利益，但是在官員看來，主要就是增加了朝廷的稅收，至于向外走出去，在這些官員們心中是完全沒有想過的。
這也是朱載坖現在最擔心的問題，雖然朱載坖作為皇帝可以強行推動大明實施各種對外開放的政策，但是朱載坖很清楚，人亡政息的風險是始終存在的，雖然以現在海關關稅在大明朝廷開支中占據的比例，在閉關鎖國顯然是不現實的，但是官僚階層的保守是朱載坖所不愿看到的。
所以朱載坖在剩下的日子里要改變的就是大明的風氣，重用能夠為大明開疆拓土的臣子，改變大明官場保守的氣氛，同時建立起完善的動員體系。
之前張居正等臣子向朱載坖所言的有關衛所分布的問題，也是朱載坖一直比較關注的問題，朱載坖命令兵部和五軍都督府對于天下的衛所進行統計，對于衛所的制度進行調整，原本大明的衛所從權力大小上來說主要分為實土衛所和非實土衛所。
所謂實土衛所，就是指設置于未有正式行政區劃地域的衛所。最簡單的例子就是原本的遼東都司和陜西行都司，這兩個地方都是只有衛所而沒有州縣，所以衛所就接替了州縣的作用，其長官上馬管軍下馬管民。衛所權力極大，還有一些是名義上在府州縣境內，但又占有大片的土地、人口，足以同府州縣相頡頏，這些衛所衛所多分布于邊區或少數民族聚居地。
這一類主要分布在沿海和內陸邊區。舉個簡單例子，沿海方面，山東都司成山衛位于文登縣境內，但是直接管理著沿海的大片面積領土，山西都司大同左衛、云川衛同治于一城，名義上是屬于大同府的，但實際上則是這兩個衛直管，在這些地方，衛所長官權力極大，地方官員是難以插手的。
而非實土衛所的權力就要小得多了，衛所治地有府州縣，且后者的土地和人口占有絕對優勢。這種衛所不能作為地方行政區域來看，主要包括內地、在京的衛所，這些衛所雖然有自己的屯田土地，但是無權管轄除卻自己衛所軍戶之外的人。
朱載坖認為衛所權力的過大并不是好事，大明開國時的那一套對于衛所的管理辦法要予以改變了，在朱載坖的嚴厲整頓之下，衛所軍屯的被侵占現象得以減少，衛所士卒的員額也進行了核實，但是之前對于衛所，朱載坖并沒有進行大規模的進行改革，因為朱載坖很清楚，衛所作為大明的基礎政策，所牽涉的面是極廣的，涉及到的人也是很多的，一個不注意，就要整出大事來的。
當年武宗朝整理軍屯，直接引發了安化王叛亂，這可不是小事，所以朱載坖一直沒有動衛所，僅僅是將現有軍屯予以統計，同時規定軍屯民田一體起科，減輕了軍戶的負擔，但是現在朱載坖認為對于衛所制度應該有所改變的。
衛所制度確實是有好有壞，對于朝廷來說，衛所制度是一種最簡單的控制人口的辦法，朝廷通過衛所，不僅僅是控制衛所軍士，更是將衛所軍士的家人都予以控制了，通過衛所，朝廷可以直接獲得大量的人口，而且這些人口直接由朝廷控制，無論是調動去移民實邊，還是屯墾，都是極為方便的，朱載坖就是利用了衛所的這個優勢，將大量的衛所調出，用于控制新收復的領土。
除此之外，衛所還是朝廷鎮協官軍的主要兵源來源，雖然鎮協官軍主要是募兵而來的，但是各鎮的大將們在選擇兵源的時候，還是偏重于衛所出身的兵員，因為衛所出身的兵員，有的有一定的軍事基礎，訓練起來要容易一些，其實還有一個重要的原因，就是這些衛所出身的士卒，有家有口在衛所，不容易逃亡或者叛變，畢竟他們有家有口，一旦叛變，朝廷可以處理他們的家人，所以各鎮的軍官們普遍愿意從衛所軍士中挑選兵員。
除了這兩種衛所之外，還有一類特殊的衛所，就是親軍上直衛，這是不隸屬于五軍都督府的衛所，直接聽命于皇帝的親軍衛所，如在京師的親軍二十六衛，除了錦衣親軍被升格為錦衣都司之外，其余的親軍諸衛雖然是衛所編制，但是實際上是脫產全訓部隊。
除此之外還有南京和中都的留守諸衛，金吾前后左右衛、羽林左右前衛、府軍衛、府軍左右前后衛、虎賁左衛、錦衣衛、旗手衛、江淮衛、濟川衛和中都留守司，都是不隸屬五軍都督府，直接由皇帝指揮的衛所，不過他們都是非實土衛所。
對于這些衛所，應該進行怎么樣的改革，朱載坖還沒有一個妥善的辦法。</p>