第三階段，針對新生經脈太過脆弱的問題，卡卡西有且只有一個辦法，即時間。
從木葉臨時醫院出院，三個多月時間。每一次的體力恢復、體能鍛煉，就是從肉身的層次提高新生經脈、新生細胞的生命強度；每一次的雷遁查克拉偽周天運行，就是從雷遁查克拉輻射周身的層次帶動新生經脈、新生細胞的活性強度。其中，又以千鳥流雷遁查克拉的活性效果最為顯著。
之所以會有千鳥流雷遁鎧甲這樣的忍術誕生，就是基于活性全身經脈、細胞的考量！
記憶很清晰，那是在暗部第六班一死、一重傷之后，一方面，卡卡西查克拉海出現的未知查克拉微粒；另一方面，卡卡西認識到自己的程度不足以應對全部的任務挑戰。故而，在休整的時間里，卡卡西做了兩個重要決意：
第一，千鳥流雷遁忍術更進一步的嘗試；
第二，回應第三代火影，暫別任務一線。
預料中，第一個決意會具有相當的操作難度，因為九尾之夜前卡卡西就有類似的想法，但一直未成功實踐；第二個決意相對無壓力，因為三代猿飛日斬提出過讓卡卡西退下來一陣子建議。
可是，世事難料。用了三天的時間卡卡西千鳥流雷遁鎧甲草創完成，然而最后一天向三代目重新報道，卻接受了三代火影的“繼續任務”命令請求：
卡卡西繼續任務的第十七日，卡卡西暗部第六班遭遇云忍小隊，發現卡卡西班強大后，對方釋放了象征“增援”信號彈。實際上，這是以生命為代價，向云忍早已在邊境線就位的斬殺部隊傳遞消息。
卡卡西繼續任務的第二十三日，在火之國境內埋伏了六天的暗殺部隊，發現斬殺目標。事后，僅一名云忍暗部上忍存活！
也就是這一次，卡卡西在戰場上第一次結出了自己的雷遁鎧甲。無論進攻性、防御性，還是從其速度性來講，雷遁鎧甲都沒有辜負卡卡西的期望。只是查克拉消耗太過嚴重，待千鳥流雷遁鎧甲散去之后，卡卡西久違用木葉護額遮住了自己左眼的三勾玉寫輪眼，短時間內，卡卡西已然徹底失去了戰斗能力。
而且，麻煩的不僅如此。卡卡西千鳥流雷遁鎧甲的施展成功，借用了一定量本該屬于寫輪眼的查克拉。在雷遁鎧甲消散過后，帶有寫輪眼邪惡意念的查克拉就近滲入到了卡卡西的四肢百骸，未曾納入查克拉運行周天的待恢復經脈、細胞，也未能例外！
那以后，卡卡西便再未陷入到查克拉不支情況，卡卡西自己也不會主動讓體內查克拉下降到危險程度。這是一個絕對意料之外的發現，吸收了寫輪眼查克拉的經脈、細胞，竟然有向周圍擴散、感染的趨勢，情況在未恢復經脈、細胞尤其嚴重：雖然過程緩慢而微弱，但絕對不允許忽視！
原本，卡卡西想要靠體能鍛煉繼續提升待恢復經脈、細胞的生命強度，讓千鳥流雷遁查克拉繼續增強待恢復經脈、細胞的活性強度。待生命強度、活性強度到了一個很高地步之時，再開始最后的階段。
第四階段，也是最后一個階段：輔以封雷印法，將雜亂且無序的新生經脈重新納入到最初的十二經脈周天之中。
自卡卡西擔任三代火影護衛開始，他就暫時性放棄了普通查克拉偽周天、雷遁查克拉偽周天。當白天護衛任務結束后，卡卡西就會全功率進行一次千鳥流雷遁鎧甲的釋放。這樣的情況已經堅持很久了，雷遁鎧甲的鍛煉倒是其次，關鍵是千鳥流雷遁鎧甲帶來全身細胞活性化。
當雷遁鎧甲結束，便是卡卡西以封雷印法牽引經脈之時。封印查克拉在本質上無屬性查克拉，之所以選擇從封雷印法開始，只因為這個研究的比較深入。在卡卡西的房間，擺滿了人體查克拉經絡、封印術示意圖及備注…
只可惜，即便選擇了火影護衛這一個最清閑工作，卡卡西依舊逃不開突如其來的任務。木葉的暗流洶涌醞釀到了一個極致，表現出來便是…