小智和艾莉絲以及小春，小遙，小光，為了解救被火箭隊帶走的達克萊伊，于是憑借著小智的波導之力追了上去。
只不過在追擊的途中，他們突然被一股不祥的漆黑波動所掃過，隨后通通的陷入到了昏睡當中。
還在小智的意識里，已經過去了十年之久，甚至小智都還沒反應過來，那10年的記憶就如同滔滔江水一樣，進入他的腦海里。
在這10年中，他贏得了世界錦標賽，成為了這個世界排名第一的訓練家，但是這跟他的夢想成為神奇寶貝大師相比還差得很遠，于是在贏得世界錦標賽以后，小智繼續出發，開始圍繞著神奇寶貝世界旅行了起來。
這一次旅行足足持續了十年之久，在這場旅行當中，他認識了很多人，也看到了各種各樣的奇觀，認識了不少的神奇寶貝們，和他們成為了朋友。
然而就在小智還沒有吸收完這一次10年之久的記憶的時候，下一瞬時間過去了30年。
在這30年當中，小智繼續在神奇寶貝世界旅行，結交朋友，認識那些認都認不完的神奇寶貝們。
此時小智已經40多歲，他已經結婚生子，兒女甚至已經長大，而他的一些長輩們，比如大木博士，也在這段時間當中去世。
因為大木博士的去世，小智曾經陷入了一段時間的迷茫，他是第1次感受到自己深愛的一切開始慢慢的從自己的身邊消失，小智更有一種感覺，從大木博士開始會有陸續他所珍視的人離開他。
果然就和小智感覺得到的一樣，下一瞬間，時間向后又飛快前進了50年，小智來到了60多歲，此時他的兒女們也都紛紛成家，甚至連他的孫子孫女都已經長大，成為訓練家開始冒險。
而在這過程中，有不少他以前所珍視的長輩也紛紛去世，其中的代表就是他的媽媽花子，還有他的精靈巴大碟夫婦。
然而小智還來不及從那些記憶當中緩過神，時間又悄然再次加速，這一次離開小智的更多，以往的朋友們甚至是跟他同齡的人，一開始陸續離開他，而就在此時太一的一句話，突然出現在他腦海中。
“不用悲傷小智，我曾經跟你說過吧，跟我綁定，你就會得到永生，以后你的記憶當中，像這樣的生離死別多的去了，抓緊把握現在，守護好你愛的人，好好珍惜他們才是你應該做的事，所以不要悲傷……永生可能不是什么祝福，而是詛咒。”
還不等小智想通太一這句話的意思，時間再次悄然加速，無數的記憶再次涌入他的腦海，這一次離開的人更多，他記憶當中的兒女們，甚至是包括皮卡丘，也開始陸續離開他。
“等等……停下來……停下來……別走……大家別離開我……不要……”
然而還不等小智，抓住那些即將消散的身影，他所珍視的一切，就連是那些傳說級別的神獸，他們也開始悄然進入到了生命的倒計時，然而小智卻伴隨著，太一不斷的升級，壽命不斷的增加，活得越來越年輕。
直到最后，小智身邊沒有一個熟悉的人，不應該說還有倆，而他們分別是太一和阿爾宙斯，此時他們曾經所身處的世界早已因為壽命而崩壞，現在太一和阿爾宙斯正在商量開辟一處新的世界。
只是小智此時已經有些麻木了，他此刻已經不會做任何事，就像是一個木頭一樣，靜靜的站在那，臉上沒有任何表情，無奈的很，就像是將這一切全部都看透一樣，不再掙扎，不再迷茫，不再渴望，什么都不做，就靜靜的待在那里。