高昌回鶻王國的行政體制，基本繼承唐代的西州制度——大唐西州治所就在高昌城。
它有兩套系統。
一套是州、縣、鄉、里制，由朝廷任命官吏進行治理。
一套是羈縻制，即對游牧部落進行羈縻統治。
隨著對農業的開發，在天山以南地區，游牧部落越來越少，州縣設立得越來越多。
這似乎有點反直覺，但事實正是如此。
漢化程度較深的西夏，直至南宋初年才開始搞科舉。而遠在新疆的高昌回鶻，卻從其建國之初就一直是科舉制。
但隨著土地兼并的加劇，這里的科舉制越來越流于形式。而且還有沿襲自唐代的舉薦和功勛傳統，再配合著土地兼并，導致世襲貴族和軍功貴族竊取地方權力。
至于脫離群眾的摩尼教，甚至很早就自動儒化。
為了加強高昌國王的集權統治，作為國教的摩尼教，主動吸納大量儒家思想，推崇社會秩序和倫理綱常那一套。
摩尼教被統治者拋棄，佛教在高昌后來居上，整個過程伴隨著地方自治加劇。
高昌回鶻和西遼統治時期，名義上還在中央集權，并且通過科舉選官。但實際上，卻由大大小小的貴族，世襲統治著不同的綠洲區域。
大貴族們因為被李彥仙扣押，再通過軍事威脅，勒令他們舉家搬遷去寧夏和遼西。
剩下的小貴族已不足為慮，大明直接選派文武官員，就能填補大貴族的政治生態位。再通過科舉和小貴族，輔佐漢人官員統治州縣。
只有兩個地方比較難搞。
一是天山以北，那里主要為羈縻統治。
如今，大明只在彰八里（烏魯木齊）駐軍和移民，暫時并沒有實質掌控北庭——北庭那邊的部落騎兵，在乃蠻部撤軍之后，也逃得飛快沒有投降。
二是喀什和龜茲，還需要打幾仗。
東喀喇汗國的首都便在喀什，并統治著和田周邊區域。
他們一百多年來，屢屢發起圣戰，攻打阿克蘇地區的龜茲回鶻。大量殘害佛教徒，燒毀寺廟和佛經，最終逼迫龜茲回鶻從高昌回鶻獨立，并且龜茲回鶻還成為東喀喇汗國的附庸。
順便一提，高昌回鶻最開始屬于雙王制。
一個是高昌回鶻王，一個是龜茲回鶻王，他們在名義上共治國家。
耶律大石崛起之后，把東喀喇汗國的大汗，降為喀什噶爾王。因此，東喀喇汗國變成了東喀喇王國，并且成為西遼的附屬國。
龜茲回鶻王國也獨立出來，直接隸屬于西遼。
這兩個王國，一個在喀什，一個在庫車。前番大戰，只象征性派遣軍隊參與，并沒有遭受什么損失，而且真正的大貴族也沒來。
接下來幾年，大明安西都護府除了鞏固統治之外，還要對以下幾個地方用兵——
第三，阿克蘇、喀什、和田那一大片，足足兩個王國不接受大明統治，而且主體宗教已經變成了沙漠教。
武舉元一路奔波來到焉耆，發現這里云集著數萬人。
移民到焉耆的一萬漢人，已經在官員的安排下開始分田。
龜茲的六千駐軍，焉耆的三千駐軍，和田的一千駐軍，目前全都在焉耆集結。
還有焉耆的許多中小貴族武裝，也在集結當中。
武舉元他們這一批移民來得晚，連民兵訓練時間都沒有，只能臨時作為后勤運輸人員。
在焉耆地區的春播結束時，部隊正式朝著龜茲進發：一萬正規明軍，一萬一千武裝漢族移民，三千高昌各地貴族武裝，還有數百等著賠償土地的焉耆平民。
移民焉耆的一萬漢族移民，在春播結束之后，也要幫他們運輸糧草。
……
龜茲回鶻王叫隈欲，在另一個時空，他還遣使朝貢過金國。
這個時空，自然是朝貢大明。
但在西遼崛起之后，隈欲就斷了跟大明的往來，老老實實做西遼的藩屬國。
“去年，大遼出兵救援高昌，我們也派了一千將士、兩千民夫和許多糧草，前去跟大遼的援軍匯合東進。”
“那些將士和民夫，一個都沒有回來，聽說幸存者都被坑殺了。”