“出去”嚴厲的呵斥聲響在他的耳邊，碇真嗣最后朝著實驗室的窗口看了一眼，那里停放著一臺紫色的巨大機體，身高遠遠超出常人的超級巨人，他看到了巨人也看到了巨人后頸位置的插入栓，努力的記住了每一個細節之后，碇真嗣才轉頭離開。
心中不好的預感，讓他迫切的想要了解自己之前所看到的一切，但很快他了解這一切的機會就消失了，碇源堂可不會有心思照顧孩子，碇真嗣也不適合獨自待在這樣一個機密區域，于是他被送出了第三新東京，被送到了一所寄宿制學校之中，在這所學校之中進行學習同時也受到監視和保護。
雖然離開了第三新東京市地下的特殊研究機構，但碇真嗣依舊牢牢的記住了那一天看到的一切“父親一定有什么事情瞞著我，母親究竟去了哪里那天究竟發生了什么我要將這一切都搞清楚。”
而下定了決心，又解開了基因鎖的強者，行動力是非常夸張的，寄宿制學校的班主任驚愕的發現，新來的轉學生竟然是一個超級勤奮好學的家伙，只是小學二年級，就把整個小學全部的課程用了一周時間打包全都學完了。
而這也意味著碇真嗣基本掌握了讀寫能力，記憶中那些文件上面寫的內容他已經可以看懂，可惜他能看到的都只有文件中的第一頁，只能大致看出來，正在進行的是一場同步測試實驗，參與實驗的分別是他的母親和名為初號機的巨大機體。
除此之外，他能夠理解的還有一部分關于初號機的情報，那是人類為了對抗某種巨型生物而打造出來的巨型戰爭兵器，需要有駕駛員進行操控才可以參與到戰斗之中，而駕駛員對這種巨型兵器的操控效率，很大程度的就取決于同步率。
小學課程中的內容大概也只夠他看懂這些，那設備上復雜的圖表，眾多不斷變化著的參數都不是他現在的學識能夠解釋的。
于是碇真嗣開始搜集更多的書籍，分析那些圖表之中圖桉所代表的意義。
而很快他就認出了里面一個相當具有標志性的圖桉，那就是dna的雙螺旋結構，測試同步率的顯示器上，就有這樣的圖桉標志。
“不對勁，那臺巨大的機甲好像并不是機械體，不然的話，為什么要用這樣的標志”
碇真嗣開始了查詢實驗室之中其他的標志，然后驚訝地發現其中除了一些基礎的物理符號之外，竟然還有許多神學方面的標志性圖桉和文字。
“難道說神話是真實存在的初號機和神話有什么關系”這部分的理論是最難搞懂的，碇真嗣暫時將這些只能猜測的東西擱置在一邊，而是盡可能的理解實驗室之中其他設備上的圖像代表的意義。
而這就需要相當高深的知識了，即便是這個時代的大學之中，想要找到全部的相關知識恐怕也并不容易，好在雖然被送到了寄宿制學院，但因為碇源堂的關系，碇真嗣想要借閱各種書籍并沒有什么困難，老師和同學只是驚訝于班級里竟然多出了這樣一個超級天才。
而隨著一次又一次接觸遠超他這個年齡段應該接觸的知識，一次又一次短暫的開啟基因鎖輔助他的記憶，碇真嗣已經逐漸揭開了那天實驗室中的秘密。
甚至已經比那天實驗室中許多人都更加了解究竟發生了什么。