停放二號機原型機的機房中，實驗室中大量的電子屏上顯示著測試者的各項身體數據。而明日香在所有的克隆體制中，擁有著最好的身體素質。即便沒有受過系統性的訓練，身體素質也如同是久經訓練的戰士一般。
這是解開了基因鎖之后，體內的基因對自身的身體進行了自行調整。不光是身體素質，包括身材和容貌也都會進行優化，如果能夠進行對比的話就會發現兩次輪回之中。碇真嗣和明日香都比上一次輪回稍微好看了一些。
這種優秀的身體素質在同齡人之中，可以說是獨一無二的，但光是有這一點是不夠的，真正能否駕駛二號機，最重要的還是取決于與二號機之間的同步率。
雖然訓練可以將同步率提升少許，但這東西更多的是取決于天生，天生的同步率如果不夠高的話，就算再怎么訓練，也難以成為一名合格的駕駛員。
而隨著同步的開始，明日香與二號機之間的同步率起初相當之低，幾乎是無法同步的狀態，通常情況下，只有內心比較封閉的孩子，才會和機體有比較高的同步率。
但隨著神經連接的深度加深，二號機與明日香的精神開始有了較為緊密的連接和碰撞，這讓明日香下意識感到了危險，與此同時，一直以來都沉寂著的基因鎖這個時候卻突然爆發了出來。
隨著基因鎖裂開一道縫隙，明日香的潛力被部分的開發了出來，與此同時，原本一直維持在百分之十以下的同步率飛快標準，只是眨眼間就突破了一半，緊接著直奔百分之九十而去，這是經過了專業的訓練之后都難以達到的同步率，直逼百分之百。
同時只是一個血肉骨架的二號機，竟然緩緩的動了起來，眼看竟然要從固定它的架子上掙脫下來。
“不好同步率過高，快斷開連接。”
負責監控連接深度的工作人員滿頭冷汗“不行，斷開失敗，無法執行緊急協議，駕駛員有著強烈敵意，我們對她內心的窺探似乎被他當成了一種攻擊”
“那就快點啟用備用預桉釋放液氮，將機體冰凍。”站在最高處的實驗負責人當機立斷，下達了緊急措施的命令。
與此同時，二號機所在的房間之中大量液氮噴射出來。這些用奇怪生物的血肉制造的機甲本身就擁有著失控的危險，因此在實驗設施之中，時刻都有保護措施。
第三新東京市的保護措施是堅固的合金防御墻壁，即便是失控的零號機，瘋狂的對墻壁進行攻擊，也無法打破。而德國的實驗基地采用的就是大量的液氮。效果更加顯著。
在超低溫之下，分子熱運動的強度降低到了一個極低的程度，二號機就算是想要發起攻擊，身體也被徹底凍住，無法移動。
隨后明日相與二號機之間的連接被物理切斷，現在的明日香還不至于做到那種站在機甲之外都能夠遠程控制的程度，因此物理連接切斷之后，二號機很快就平靜了下來。