他聲稱是虔誠的羅馬天主教徒，以及“沉思”的目的是為了維護基督教信仰。
但是在他自己的真正表現上，笛卡爾被指控宣揚秘密的自然神論和無神論信仰。
他的摯友布萊茲·帕斯卡說：“我不能原諒笛卡爾；他在其全部的哲學之中都想能撇開上帝。
然而他又不能不要上帝來輕輕碰一下，以便使世界運動起來，除此之外，他就再也用不著上帝了。”
喬勇，張梁這些大明帝國的使者們認為，按照大明學術的分界來看笛卡爾先生，他正處在一生中最重要的時刻——頓悟！
頓悟過去之后，便是他成為圣人的高光時刻。
就像大明的王陽明先生在軍營練氣，忽然長嘯一聲，聲震十里……
笛卡爾先生以為抵達羅馬的時候，就是他上火刑柱之時，沒想到，他才住進了羅馬的宗教裁判所，那個下令捉他來羅馬受刑的教宗就突然死了。
然后，在某一個陽光明媚的清晨，他離開了牢房，見到了等候他多時的外孫，與外孫女。
離開的時候，笛卡爾先生沒有刻意的去感謝教宗亞歷山大七世。
他簡單的認為，一個接受過俗世最高等教育的亞歷山大七世絕對是一個眼界開闊的人士，不用感謝他，相反，教宗應該感謝他——笛卡爾還活著。
他自認為，自己的頭顱已經不屬于他自己，應該屬于全法國，甚至屬于全人類……
雖然監獄沒有傷害他，他虛弱的身體還是不能讓他立刻離開羅馬回到巴黎，因此，他選擇住在陽光明媚的羅馬，在這里修整一段時間，順便讓人去找教宗討回屬于小笛卡爾以及艾米麗的那筆財富。
兩年時間，小笛卡爾已經成長為一個英俊的少年了，小艾米麗也長高了很多，只是，笛卡爾先生最得意的地方在于小笛卡爾似乎遺傳了他的相貌，在剛剛進入少年期之后，小笛卡爾的臉上就長了一些雀斑，這與他少年時期很像。
只是他們兩人頭發的顏色不一樣，笛卡爾先生的頭發是黑色的，而小笛卡爾與艾米麗的頭發是金色的。
女仆跟男仆都留在了法國巴黎，所以，能照顧笛卡爾先生的人只有小笛卡爾與艾米麗。
經過一個漫長的黑夜之后，笛卡爾先生從沉睡中醒來，他睜開眼睛之后，立刻感謝了上帝讓他又多活了一天。
不過，在艾米麗伺候著洗漱之后，笛卡爾先生就看到了桌子上豐盛的早餐。
尤其是兩只烤的金黃的斑鳩，更是讓他歡喜。
不過在老先生將他認為的斑鳩肉送進嘴里的時候，小笛卡爾道：“這是鴿子肉。”
笛卡爾先生立刻大笑起來，上氣不接下氣的指著小笛卡爾道：“廣場上的那些鴿子？”
小笛卡爾沒有笑，冷冷的道：“教皇不需要那些鴿子。”
“這不是教皇的錯，有錯的是上一任教皇。”
小笛卡爾用叉子挑起一塊鴿子肉道：“我吃的也是上一任教皇的鴿子。”
笛卡爾先生大笑道：“這應該能說得通。”
吃過早飯之后，兩位笛卡爾先生開始去散步了，這是小笛卡爾先生要求的，他認為這樣做能讓外祖父活的時間再長一些。
笛卡爾先生看到了小笛卡爾手中的書，皺眉道：“你對東方很感興趣嗎？”