當即就遭到了明洮州衛軍民指揮使司副總兵李聯芳，率軍追擊被遇伏兵戰死明軍潰敗，明洮州衛軍民指揮使司把總何無衡，等人均戰死。
到了7月12日，漠南蒙古多羅土蠻部首領又犯臨洮府河州衛軍民指揮使司，攻占了衛指揮所附近城樓，明臨洮府總兵劉承嗣，連夜出戰，遭遇大雨兵敗損失慘重，致使漠南蒙古多羅土蠻部劫掠內地二十多日才退去。
隨后漠南蒙古土蠻貴族黃臺吉孛兒只斤卜言臺周，率部攻打遼東都指揮使司沈陽中衛，又深入到海州衛境內。
沿途大敗明軍守將，但明遼東總鎮總兵李成梁，卻謊報軍情。
使得原本占據了朵甘都指揮使司的漠南蒙古多羅土蠻部首領孛兒只斤火落赤，再次出兵牽制西部戰線，攻打陜西承宣布政使司洮州衛軍民指揮使司、河州衛軍民指揮使司。
在加上原本襖兒都指揮使司河套部首領孛兒只斤卜失兔大明順義郡王兼漠南蒙古土默特部徹辰汗孛兒只斤扯力克，長子率軍迂回繞過陜西行都指揮使司西寧衛前去攻打永昌衛。
欲斷西域駐軍后路打算奪取陜西行都指揮使司所在地都司府地區，一時間大明西部邊疆紛紛告急明洮州衛軍民指揮使司總兵李承芳，上奏朝廷請求出兵。
明神宗朱翊鈞，特命，明戎政尚書鄭洛，在陜西承宣布政使司固原州固原衛總鎮扎營，下令進軍陜西行都指揮使司永昌衛、西寧衛南川伏羌堡等地，反擊退敵十萬人，明軍大獲全勝。
致使大明順義郡王兼漠南蒙古土默特部徹辰汗孛兒只斤扯力克，來大明朝貢謝罪，而另一個位漠南蒙古多羅土蠻部首領孛兒只斤火落赤，也被迫撤軍。
但卻被大明革除了互市。
8月10日，明貴州巡撫兼都察院右都御史葉夢熊，上奏朝廷道“今播州宣慰使楊應龍，不法諸事獨霸一方，他所居府宅皆雕龍飾鳳，又擅用閹宦，儼然是一個土皇帝，且為人狡詐多疑，好以誅殺立威，結怨甚深，其所轄五司七姓軍民不堪其虐，紛紛叛離，此人還聽信寵妾讒言，殺妻及岳母，被其妻叔張時照，上告，臣力主勘問。”
此時四川承宣布政使司松潘衛地區動亂不安，而播州宣慰使司兵力又不斷受調，到外地協防，由此引起了地方官府的不安，畢竟居心叵測之人分兵鎮守邊疆實乃大忌
但是明四川巡撫兼都察院山東道監察御史李化龍，卻認為邊疆之地本就需要兵力強悍之人鎮守，故此奏請暫免勘問，導致黔蜀兩地意見不一。
8月13日，明工部尚書張有德，提議需要動工準備，卻被明神宗以不準奏擾為由罰祿三月。
其中明內閣首輔申時行，與大臣們聯名上奏反對罰俸祿，惹得明神宗大怒，然而明內閣首輔又暗中替自己辯解。
在此事曝光后明內閣首輔名譽掃地，被彈劾后只得辭職返鄉。