除總督府外，另設眾議院、監察院兩個機構。
眾議院為中央機構，分上下兩個議院。
上議院常設議員五人，分別由上杉政虎、伊達晴宗、最上義守、大友宗麟、近衛前久出任。
下議院三十五人，大名二十五人，公卿十人。
二十五名出任議員的大名分別是島津、佐竹、里見、尼子、毛利、葛西、浦上、赤松、筒井、畠山、織田、斯波、武田、井伊、小笠原、一條、相良、蘆名、河野、山名、一色、土岐、姊小路、伊東、肝付。
十名公卿則是三條、二條、鷹司、九條、一條（京都一條）、今出川、飛鳥井、西園寺、花山院、三條西。
監察院的職責是監查百官，設院正一名，監察大使三人，并于各令制國分派監察使一人，監察地方。
第一任院正為京極高吉，監察大使三人為真田幸隆、明智光秀、沼田光和。
這四人是監察院的主官，總攬各地監察使。
這倆個是中央機構。
地方機構則保留原有令制國，所轄領地為整國或者多國的大名直接出任該國國守。
比如島津氏為薩摩守、斯波氏為駿河守、土岐氏為美濃守等。
國守需入駐伏見城奉公，享有對領國的支配權，但領國的經營由守護負責。
像陸奧、出羽、播磨這種大名眾多的領國，則另選他人出任權守。
權守沒有領國的支配權，只享有一定的俸祿，也需留在京都奉公。
同時，京極高政將天下劃分為九州府、西國府、中國府、近畿府、四國府、北陸府、東國府、關東府、奧羽府9個府，統歸總督府直接管轄。
九州府管領為大友宗麟，西國府管領為尼子五郎兵衛，中國府管領為京極高景（此后中國府管領由京極家繼承人出任），北陸府管領織田信長，東國府管領上坂宗信，關東府管領上杉政虎，奧羽府管領仙北公方足利政直，近畿府管領則由京極家親蕃御三家大名輪流出任。
所謂御三家，為京極家親蕃大名之首，分別是細川、土岐、尼子三家。
與歷史上的德川幕府相似，在正式場合與書信中準許用京極苗字，且京極氏嫡流斷嗣之時可從這三家選擇繼承人。
御三家之下有御三卿三人，由京極家三個譜代家老出任，分別是上坂宗信、磯野員昌、赤尾清綱。
當此三人平時負責協助京極家當主處理京極家內部事宜，參與管理京極家的直屬領地。
當京極家當主為幼子繼位之時，由御三家和御三卿六人共同輔佐，擔任近畿管領的御三家當主為筆頭家老。
除此之外，另有親蕃大名10人，分別是伊勢北畠、駿河斯波、遠江井伊、仙北足利、鐮倉足利、近江足利（足利義真）、丹波內藤、河內京極（京極高勝）、尾張京極（京極秀政）、越前京極（京極高吉）。
這十家大名享有“專領”，即所轄領地不需要向總督府交納稅金，只需在京極家當主生日之時繳納獻金即可。
軍事上，京極家規定各大名領內只能按照每萬石100人的標準維持常備足輕，且歸屬各地管領調配。
武士雖不在此列，但所有正式武士都必須在總督府登記造冊。
超過一萬人的軍事調動必須請示總督府，非總督府命令他國軍隊不得擅入別國領土。
另外，大名家臣現有的知行地情況必須每年向總督府報備，沒有總督府命令大名不能私下授予家臣知行地。
同時，總督府內部設立水軍司、陸軍司兩個部門。
水軍司所司伊丹雅勝，主管天下水軍。
水軍下轄：九州水軍，基地為肥前松浦港。瀨戶內海水軍，基地因島、來島、能島。關東水軍，基地安房國。北陸水軍，基地輪島湊。奧羽水軍，基地湊城。
水軍司本部位于堺港。
水軍日常任務是清剿海盜，保證各航道的貿易通暢。此外也負責護送勘合貿易船隊前往明朝進行貿易活動。
最后，便是重中之重的陸軍司了。</p>