在隔離措施實施的兩天里，并沒有螞蟻違反禁令，但依舊無法切斷傳染途經后，主角認識到這種瘟疫可能并不是只有接觸患者才會被感染，又或者是有一個潛伏期。
事情變得棘手啦
主角讓健康的，至少是目前看上去健康的螞蟻，緊急施工，在新楊城附近修起了幾座小巢，與主巢并不聯通，儲備了部分食物，讓還健康的唯一的蟻后，大部分雄蟻們和負責照顧的工蟻住了進去。
如果疫情不受控制，他至少保留了一些種子。
主角也住了進去，這種奇怪的真菌瘟疫他自己也感到害怕。
留在大巢穴里的雄蟻負責按照主角的指令一邊防疫，一邊尋找傳染源。目前除了隔離之外，螞蟻們只能日復一日的用火把烘烤安全區的巢室，希望能夠用高溫殺死看不見的傳染源。
最早患病的幾批螞蟻被反復詢問，所有信息匯總后交給主角分析。
終于，主角發現了一條重要線索絕大部分早期的患者，都是在新楊城地下巢穴的偏東側的上半部分居住或工作的。
螞蟻們的地下生活很有規律，除了居住的巢室，他們一般醒來后只去工作場所，并不亂竄。
主角急忙分析這一區域居住和工作的螞蟻的主要職業，發現這些患者的職業雖然很復雜，但超過半數都是養殖場的飼養員或相關崗位。
再進一步深入調查，主角發現大部分患者也都與養殖場或飼養員有直接或間接的接觸。
主角立刻讓一些螞蟻多打火把，去到養殖場仔細檢查，并把信息包傳遞給自己。
果然，在養殖場中，主角發現了罪魁禍首的痕跡。
這些真菌感染了部分黃粉蟲，在墻壁上也發現了菌絲存在的痕跡。
考慮到故土時期的所有養殖場都沒有爆發過這種疾病，主角猜測這種真菌瘟疫的傳染源是當地的特有菌種，而潮濕的地下環境更是讓真菌得以有了最合適的環境。
養殖場的濕度比其他地方更大，整座新楊城地下都偏潮濕，尤其是在最近的洪水季里，地下水位大幅上升后尤甚。
螞蟻們居住的區域還靠近燃燒室或煙道，相對干燥些，這些養殖場就根本沒有啥除濕措施。
墻壁上的土，似乎攥一把就能出水，這里的黃粉蟲有不少都有被感染跡象，但并不像螞蟻那樣菌絲冒出體外，只是甲殼顏色略微發綠。似乎這種菌對于黃粉蟲來說并不致命。
這種情況很正常，有的病毒對于一些家畜或寵物來說并不致命，但一旦傳染給人類就很危險。
也許，這種真菌也是從黃粉蟲體內突變后，然后開始傳染給螞蟻們的。
覺得找到源頭之后，主角下令殺死了全部養殖的黃粉蟲，然后用火仔細烘烤養殖場，確保殺死殘存的菌根與孢子。
這些黃粉蟲尸體也需要處理，由于擔心尸體掩埋后還具有傳染性，而燃燒室的火堆顯然也無法短時間內火化這么多尸體，尋找燃料建造新的火堆又需要大量蟻手。
主角干脆下令把尸體全部丟進清河里，至于會不會感染沿河其他螞蟻，已經不是他考慮的范圍了。
他不是圣母，他選擇盡可能保住更多自己屬下的性命。