因此在從赤井秀一這里，知道基爾其實是cia的臥底后，柯南很快就想到了，再讓基爾回到組織的計劃。
柯南對赤井秀一說出自己的計劃后，赤井秀一沉默了秒。他看出這個boy就是為了打擊組織，而沒有想到其他的什么，但這個計劃確實是fbi能利益最大化的方案。
本來，他們抓到了基爾，這是很好的成績，奈何基爾并不是組織成員，而是cia的臥底當然，這個結果也不算差，畢竟fbi和cia是冤家，又是本國特工，抓住cia總比抓住其他機構的特工要好。
再把基爾送回去嗎
以本堂瑛祐為籌碼，讓本堂瑛祐加入fbi的證人保護計劃
對著醒過來的本堂瑛海提出這個方案時，赤井秀一認為他確實在基爾眼中看到了無奈。本來，基爾完全可以借著這個機會“撤離”，或許cia會不滿，但這已經屬于臥底失敗了，重新回到本部可以做其他工作。可現在，她確實只有這個選擇了。
柯南或許認為證人保護計劃是一個很不錯的選擇，但知道更深層次兩個機構交鋒現狀的赤井秀一，如柯南所想說出這個交換要求時，基爾卻很自然地將這個當做是威脅和交換條件。
她陷入沉默。
柯南看看她，又看看赤井秀一，不明白為什么兩個大人的神態都這么嚴肅。這難道不是雙贏嗎
赤井秀一也覺得這個選擇有些過分，可這對他，和對fbi來說都是利益最大化。如果基爾完全失去了臥底的心氣，那么他會在談話時放棄這個方案，但他看得出來，基爾對組織還有恨，她只是在猶豫。
而這對她本人也是有利的如果就這樣臥底失敗，她回到cia也會受到問責，但如果她能繼續回到組織臥底，那么她持續輸出情報的話，cia那邊也能交代。
她最后同意了這個方案，要求fbi好好保護自己的弟弟。赤井秀一聽她的語氣，看她的神色，就知道她認為fbi這是抓住了人質。他沒有解釋。證人保護計劃必定要經由fbi總部，但赤井秀一決定在申請時不將本堂瑛海和基爾的身份寫入資料中，而是以另外的重要證人的身份。
他并沒有打算將本堂瑛祐當做人質。
但沒必要現在就和基爾說，說了基爾也不會信。讓基爾以為自己被威脅，她才會更多情報。至于憎恨和厭惡赤井秀一并不在意。
他自認不算是完全的好人，也就不在意被別人當做壞人。
計劃定得很急，因為柯南通過郵件聲音發現醫院里有組織成員存在后，才剛得到證明進行追蹤時，那位組織成員就直接自殺了。赤井秀一通過留下來的手機獲得了楠田陸道的指紋，并且將楠田陸道的尸體收了起來。
他和柯南的思維能夠合上，寥寥數語就交流了想法，一起完善了柯南的方案。
柯南原本打算做更復雜的計劃，但赤井秀一認為沒有那個必要。
“組織很快就會行動了。”赤井秀一說，“你上次說，你認識的人告訴你，新加入了救人的組織成員，但只有一個人。如果只有一個人，那么行動計劃還是以之前的行動小組為主。以琴酒的風格，他根本不會多等。”
“而且，公安的人也不會坐以待斃。”