對此，黃巢十分惱怒，無論他準備攻打某個城池時，似乎那個城池守軍都能事前知道一般，導致他十戰中至少六戰不能建功。
可他卻始終抓不住方承天，也找不到奸細是誰，他本想一路打到長安，卻因為這些原因，一路輾轉反復，敗多勝少，降了又反，被唐軍逼得一路南下，來到了嶺南，大軍又染上疾病，若不是方承天以前公開的疾病藥方起效，他的大軍損失將更慘重。
不過這黃巢也當得起梟雄之稱，痛定失痛，領著草軍回返荊浙，一路上用盡緩兵、詐降等計，連破數城，勢如破竹，終于攻戰了他向往已久的洛陽。
黃巢大軍日漸強盛，方承天為了保住自己的實力，襲擾次數漸漸減少。
黃巢以洛陽為根本，幾日后便進軍長安，一路上唐軍守將紛紛降于他，聲勢一時無兩，連天子聽了傳聞，也狼狽逃往了咸陽，他們就這樣順利進入了長安城，翌日即皇帝位，國號“大齊”，建元金統，并大赦天下。
他當了皇帝后，自認天下已落入他手，開始享樂，不思進取，說話也不再像以往那般顧慮，終于有一天，在朱溫的酒攻之下，他半醉之間，說出了當年玄塵之死的經過。
原來，玄塵是因為發現了他們建舂磨砦，以百姓血肉為軍糧，被其殘忍殺害了的。
朱溫得知此消息后，第一時間告訴了方承天。
方承天大悲，難怪一直找不到師父的尸體，原來是被那黃巢做成了軍糧。
朱溫也十分憤怒，對方承天道：“方小神醫，我不日便要離開黃巢，回到唐軍中了，你接下來準備怎么做？”
方承天咬牙道：“以牙還牙，以血還血。”
很快，朱溫反了黃巢，投靠了朝廷，直接讓黃巢損失了大部兵力。
而南依霜也在方承天、朱溫的幫助下，率領門下弟子，大敗武林各派，成為了武林盟主，也殺了假扮玄塵的那個家伙，將他的丑惡嘴臉公諸于眾，還了玄塵神醫清白。
有了武林各派高手加入，水軍數量直接增長到五萬余人，方承天又找朱溫要了許多軍資武器，與唐軍李克用合攻長安，黃巢力戰不勝，遂連夜撤離長安，一路搶到陳州。
一路上，黃巢再不藏匿，直接將食人作坊建在軍營邊上，黃巢大軍以人肉為軍糧的事頓時傳遍天下，百姓人人自危，對黃巢的怒意直線上升，守城之心堅決無比，以至于黃巢大軍圍困陳州數百天，仍不能攻下，只是苦了周邊村鎮百姓，全都變成了黃巢大軍的軍糧。
為了防止方承天的水軍補唐軍誤傷，在朱溫的協調下，水軍全部歸入了李克用所部，大敗黃巢大軍。
黃巢率殘兵敗將向東北方向逃去，方承天率兵一路追殺到封丘。
這一日，暴雨傾盆，黃巢帶著散兵近千人，冒雨東奔兗州，逃到了泰山狼虎谷的襄王村，被方承天大軍所圍，節節戰敗，被方承天擒下之時，沙陀博野軍趕到了。
方承天擔心黃巢被搶，威逼黃巢侄子林言，讓他以黃巢兄弟的首級冒充黃巢，向沙陀軍投降，而他則綁了黃巢，來到了他師父遇害的地方，將黃巢碎尸萬段，為師父報了仇。
大仇得報，他無意官場，數萬水軍的去留便成了問題。
本來想帶著裴思詩和南依霜歸隱的方承天，只好帶著誓死都要跟著他的眾將士，建立了玄藥堂，統領武林，傳醫授典，普濟天下。
（全書完）