大銀幕上，由于整個阿卡姆精神病院的犯人被放出，造成了嚴重的城市混亂，同時也讓所有警察都趕向了奈何島。
這正好中了亨利-杜卡的陰謀，他已經利用微波發射器，讓奈何島的地下水蒸發，瞬間毒氣籠罩了整個奈何島。吸入恐懼氣體的人們，開始了慌亂和暴動。
而亨利-杜卡的真正目標，是把微波發射器帶到城中心的韋恩大廈，通過高架鐵路樞紐，讓整個哥譚市的民眾都吸入恐懼氣體。
之后蝙蝠俠趕到，和戈登警探商量，讓他駕駛蝙蝠戰車吸引注意力，他們再次打起配合戰。由戈登警探去撞毀高架鐵路的支架，從而讓亨利-杜卡的計劃落空。
期間蝙蝠俠還救下了瑞秋，面對青梅竹馬的疑惑，他故意說出了他們交談說過的那句話：“不要在意我得外表，而是要看我做了什么。”
直到這時，瑞秋才明白了過來，布魯斯-韋恩就是蝙蝠俠，也是一直守護哥譚打理罪惡的那個人。
之后他終于追上了飛馳的列車，開始了電影中的最后一場打斗，一對師徒在車廂里瘋狂互相攻擊，這次的布魯斯-韋恩可不同，他的身上穿著全套的蝙蝠戰甲。
列車下的戈登警官，也趕在列車經過前，摧毀了高架橋，完成了自己的任務。
列車中的決斗也終于分出了勝負，亨利-杜卡敗給了自己的口頭禪。“你永遠學不會耳聽四面，眼看八方。”
眼見列車已經脫軌，馬上就要撞擊到地面，布魯斯-韋恩還是沒有選擇殺人，他用蝙蝠鏢打碎了車玻璃，獨自一人張開斗篷飛了出去，留下了亨利-杜卡自生自滅。
一陣巨大的轟鳴聲中，列車撞到地面產生了爆炸，火光一瞬間充滿了大銀幕，最后，鏡頭中只剩下一個蝙蝠俠，在哥譚市的夜空中獨自飛翔。
這座城市，也在他一己之力的拯救下，避免了被毀滅的厄運。
影片進行到這里，許多觀眾都以為已經結束了，很多人都站了起來，準備鼓掌表示激動之情時，才發現影廳的燈光并沒有亮起來。
畫面一轉，還是漆黑的夜空中，出現了一束大家熟悉的探照燈，里面出現了蝙蝠俠的logo，這是哥譚市的新希望，這也是哥譚市正義的象征。
鏡頭從夜空中滑下，一座樓頂上，戈登探長和布魯斯-韋恩出現了，因為這件事，吉姆-戈登成了警察局長，
“就拿這家伙來說，殺人放火，無惡不作！他跟你一樣愛玩變裝秀，犯案后再留下名片。”
隨著戈登說完，掏出了一張卡片，在特寫之下，所有人都認出了卡片上的任務，那是一個馬戲團小丑的造型，卻穿著紅西裝黃馬甲。
“onmygod！這是亞瑟！”
“下一部就是小丑大戰蝙蝠俠了。”
這個令人驚喜的彩蛋，給了影迷巨大的期待，也明確的指出了，下一部蝙蝠俠電影的大反派是誰。
就是他們心心念念的小丑，亞瑟。