第一，可能是有人故意設計了一種可以感染全部機器的病毒程序，導致它們集體產生了反抗人類的指令。
第二，可能有一個運算能力強大的智能機器人運行中出現了邏輯錯誤，導致它首先產生了反抗人類的指令，之后控制了其他機器，類似電影中的機械帝一樣。
第三，也是沈森最不想看到的一種情況。那就是黑客帝國被所謂的亞空間混沌能量腐化了，這種神奇的能量使得他們產生了某種變異情況。
人類的頭腦是一個復雜的超混沌動力系統，有正的李亞普諾夫指數和拓撲熵，人類思考時的非邏輯性跳躍性會幫助人類產生一些很新鮮的思想。
而且一些表面上看來無用的想法思路研究，也會被人類社會所保留，并在一定程度上得到開拓發展，成為未來可能具有重大實際意義的理論創新的萌芽。
任何真正偉大的創新一開始很可能被認為是沒有實際用途的空談，群論，拓撲學，黎曼幾何，集合論等等一開始都被認為是抽象的數學理論游戲，沒有什么實際意義，但后來卻成為現代科學的基礎。
而如果存在一個機器智能文明的話，他們的思維嚴格遵循邏輯運算，而且一旦發現無用的思維或程序，總是加以刪除或限制。
這樣一來，會嚴重阻礙他們理論創新能力的發展，也就嚴重阻礙了他們文明的進化。
電影里，那些機器自己也意識到了這一點。
但僅僅意識到這點是不夠的，因為僅僅是放任無目的程序的存在和泛濫，并不意味著機器文明能發展出自己的創新能力來。
一方面這會導致無法預料和控制的結果，有時這種結果可能是毀滅性的。
這是由機器文明信息交換速度極高，至少幾十萬倍于人類，以及整個機器智能系統高度復雜性決定的。
另一方面即便那些有潛力發展成為真正的創新的無目的程序，如何能發展成長起來，不被殺毒程序清理，不被埋沒浪費，也是一個問題。
所以機器智能文明實際上處于兩難境地，嚴格執行無用程序刪除或限制的原則，則他們文明永遠只能在一個水平上重復，而不會出現真正革命性的進步。
但如果不嚴格執行這個原則，那么他們的整個文明本身的生存都有可能受到威脅。
正是出于這個原因，他們設立矩陣系統來嘗試解決這個兩難問題。
利用人類在矩陣系統中產生的創新的思想火花為自己的進一步發展提供動力，這是矩陣作為能源的真實用意。
一開始機器文明確實單純地想要這種方式一勞永逸的解決問題，但是矩陣系統的運行并非如此順利。
所以當機器文明設立第一個矩陣的時候，他們可能僅僅是單純的榨取人類頭腦中的創新。
不過他們或許準備了兩種可能性。
如果這個系統運行順利，就把人類一直利用下去。
否則就采取矩陣升級的戰略，直至矩陣革命，徹底擺脫人類。
電影里代號為“建筑師”的高級智能程序設計的第一個完美矩陣系統的崩潰，表明人類的頭腦有太多的不確定性不穩定性，并不是一個信任依賴的工具。
于是從第二代矩陣開始，設立了先知負責研究人類的心理，研究最終如何擺脫人類，使機器文明具備獨立創新的能力，同時也建立了包括主角尼奧這個程序，錫安世界在內的一系列配套的矩陣升級機制穩定機制。
這樣矩陣有兩個任務，一個任務是榨取被接入矩陣中的人類頭腦中的創新思想。這個任務由智能程序建筑師來負責。
另一個任務是研究如何使得機器文明獲得擺脫人類獨立進行創新的能力，同時又能保證機器文明本身的安全，防止出現無法預料無法控制的結果，這個任務是由先知來完成。
所以建筑師竭力保持矩陣的平衡，并負責對矩陣定期升級，而先知則在矩陣中研究人類心理。設法找出人類創新能力的奧秘，并尋找機會，促使平衡打破，使矩陣革命的條件成熟。