正如5000競賽的主題一樣，這篇檔案給人的感覺就是一個謎題。
各種雜亂的信息不斷涌現，觀看者抱著探究真相的心閱讀到最后，也只能問出一句“為什么？”
為什么以守護人類為己任的基金會，會驟然走上一條毀滅人類的路？
要得到這個問題的答案，得先從文章里把那些潛藏的信息找出來。
第一個關鍵信息：結尾那張SCP-579的圖片。
它看起來除了黑色什么也沒有。
這似乎是理所當然的，因為“SCP-579-[數據刪除]”就是這樣一個有效信息都被[數據刪除]的項目。
然而只要把這張圖的飽和度調高，一些極不顯眼的色塊就會在圖片邊緣出現。
那里面隱藏著一段對話——
我顫抖著拿著文件的雙手。“確定是嗎？”
他點了點頭。“我們昨天收到了PNEUMA（靈魂）成員的報告。每個人都是。”
“連我們也是？”
“連我們也是，Tejani。沒想到有朝一日我也會贊成這個該死的蜥蜴……”
“那我們該怎么辦？”
“你知道我們該怎么辦。在我們開始動手前，我想，我們必須散布解藥。否則它會出手制止我們的。”
“上帝保佑我們，一。”
“別這樣，Tejani。那是‘它’在說話。”
——在作者的設定中，Tejani是道德倫理委員會的主席，“該死的蜥蜴”是大名鼎鼎的SCP-682，而“一”則顯然指代O5-1。
這是發生在基金會最高層之間的秘密對話，揭開了謎題上的第一層面紗。
在對人類潛意識的探索當中，他們發現了某種東西。
某種存在于每個人內心的東西：“它”。
682痛恨“它”，所以682痛恨“人類”。
基金會決定動手。
在那之前，他們散布了解藥，那就是在12月22日下發的第二份文件。
這也是Dr.Bright會感覺那是某種“釋放”的原因。
隨后，從“它”的影響下掙脫出來的基金會，開始了毀滅全人類的征程。
那么下一個問題，為什么基金會要毀滅全人類？如果是因為“它”已經侵蝕了全人類，不能給全人類使用解藥嗎？
我們展開第二個關鍵信息：檔案最后的隱藏文字。
“你剛說入侵，對吧？或許不會再有多少次了。”
“這不是什么幾小時就能接受的東西，伙計。你能安靜個一分鐘嗎？我當然不行。不，還不行。被入侵的感覺。”
“我一直在想，就，既然我們已經發現了這些，那還是結束一切為好。這又能花多少時間？但并不是這樣。我的一切。你知道他們會怎么說。”
“我覺得惡心。”
依然是兩個人的對話，這次對話者的身份不明，但是“他覺得惡心”。
他覺得什么惡心？
是那個入侵人類潛意識的實體？還是這種入侵的行為？還是人類本身？
這實際上并不重要。
因為對682來說，“人類”當中有“它”，“人類”和“它”都足夠惡心。
獲得了解藥之后的基金會成員，擁有了跟682相似的思維。
就像Pietro在GOC的數據庫里發現的那份記錄，兩個GOC成員審訊了一個基金會特工，特工的回答和682檔案中的審訊記錄如出一轍。
他/它說：“……令人作嘔。”
人類的靈魂、思想、意識，或者別的什么，被那東西入侵了，污染了。
人類令人作嘔。