人族歷任共主也沒有對他們與對純粹人族有任何分別，但神農選擇軒轅做繼承人卻讓蚩尤有些不滿，蚩尤乃是上古之時大巫蚩尤的轉世。
為的便是為了巫族再搏一把，他們并不想呆在暗無天日的地府之中，想要重臨人間。
因此起兵反抗，蚩尤有八十一個兄弟，皆是巫族大巫轉世人族，自從得知九黎部落不服自己之后，軒轅也是開始了練兵，打算以強制強，以暴制暴。
跟蚩尤有過接觸的軒轅深知，跟他講道理是沒有用的，唯一的辦法便是打服他，于是，他開始著急所有大臣商議戰略。
一年后，軒轅的不對和蚩尤的軍隊正面碰撞了，蚩尤的八十一個兄弟哥哥銅頭鐵臂，鋼筋鐵骨，還人人有異術傍身。
軒轅軍隊節節敗退，此時，龍族的支援也終于到了，應龍龍族之中的戰龍，作戰勇猛，暫時對蚩尤大軍呈現出壓制的一面。
此戰耗時彌久，中間雙方各施手段，蚩尤一方施展迷霧，讓皇帝軍迷失方向，皇帝一方便發明指南車指導方向。
更發明了舟車，弓矢大大加快了戰爭結束的時間。
蚩尤眼看落在下風，對方有各路仙神相助，自己八十一個兄弟更是死傷過半，不甘失敗的他一怒之下恢復大巫真身。
完整的大巫真身，自然不是此時肉體凡胎的軒轅能夠對付的，于是，各路仙神紛紛出手制服了蚩尤，將其分尸封印于各處。
皇帝一方宣告勝利，將所有支持九黎部族的大小不足也都梳理了一邊之后，所有部族都擁有了一個共同的部落名字，華夏部落。
巫族參與此戰之人見蚩尤落敗，分分退居盤古殿，不在出世，九黎部落孤立無援。
部落首領之女九鳳并未隨眾多巫族一起退回盤古殿，九黎部族眼見大勢已去，便向軒轅請降，以九黎圣女九鳳和親。
在眾人的勸說下，軒轅同意取九鳳為妻，成為軒轅妻子之一，他的元妻乃是螺祖，西陵部落首領之女，創造了養蠶抽絲紡織之法，在人族之中十分收人尊敬。
除了九黎部落，軒轅一生經歷了無數場戰役，但是都沒有九黎部落難打，收復也很快，華夏部落終于完成了統一，軒轅也算是功德圓滿了。
之后，軒轅在神農本草經的原理上，根據天地大宇宙，人身小宇宙之法，與臣子探討觀察生命的本質，以及大量的實踐和對病癥的理解觀察，創出素問與靈樞兩篇巨著，造福后人無數。
軒轅黃帝統一了華夏部落，因為要平衡大小各部族的關系，于是采取了聯姻的方法，將各部族送來的女子統統納入后宮。
所以子嗣尤其的多，光是受封的邊有十四個，百年勵精圖治，終是功德圓滿。
這天，軒轅傳位于少昊，擺下祭壇，準備飛升，這次來的除了老子之外還有水靈，功德降臨之時，軒轅也憶起了前世今生。