就在馬鳴風占領潼關，處置疫情期間，孫傳庭也沒有閑著，利用自己的職權四處征調兵力，十幾天的功夫就集結了十三萬大軍。
這時候因為疫情的原因，李自成的大軍已經解圍而去，西安重新恢復到了原來的平靜。
但是與之相應的，李自成在退走之后留下了一批身患疫情的軍士，這些軍士現在正在縣城下，一個個疲弱不堪，舉著白旗要向官軍投降。
然而孫傳庭沒有治療瘟疫的手段，同時也不能讓這些人將瘟疫傳染給西安城內外的軍民，所以直接下令將這些身患瘟疫的闖軍將士們射殺，然后燒了之后深埋。
在這之后孫傳庭下令招兵買馬，發展生產，購置武器，訓練軍士，組建火車營以應對李自成的騎兵，準備在半年之后與李自成的大軍決戰，如果疫情繼續肆虐闖軍的話，時間可以提前到三個月后。
然而令人無語的是，僅僅經過了三天，崇禎催促出兵的詔令就傳了下來。
孫傳庭本不予理會，然而催促出兵的詔令一道又一道，這讓孫傳庭沒有辦法，只能決定即刻出征迎敵。
這時候孫傳庭麾下有自己親自統轄的陜西兵，侯恂作為督師、左良玉作為主將的湖廣兵，楊文岳作為總督的保定兵，還有陳士奇作為統帥、孔貞會作為主將的四川兵，蔡懋德作為統帥的山西兵，此外還有劉澤清的山東兵，朱大典的南京兵等力量，兵力雖然不少，可是卻沒有經過整訓，彼此之間的默契極少，想要在與如臂使指的闖軍對戰中取勝實在有些不容易。
然而圣命難違，孫傳庭也沒有辦法，于是決定按照皇帝的旨意，率軍出征。
于是孫傳庭下令留下一萬將士守衛西安，同時傳檄馬鳴風協同守衛，隨即率領十二萬大軍出發，前去會戰闖軍。
這時候的闖軍已經來到了延安府，經過一番劫掠后休養生息，準備伺機反撲。
孫傳庭聽說消息之后，統率大軍分三路北上迎敵，孫傳庭以陜西兵、蔡懋德的山西兵以及朱大典的南京兵為中軍，從西安往正北出發，經咸陽、涇陽、三原、富平、耀州、同官等地進入延安府，目標直指延安府的重鎮鄜州；以侯恂的湖廣兵和陳士奇的四川兵為西路，率軍往西出發，經咸陽、醴泉、永壽、邠州，進入與延安府西鄰的慶陽府，然后在慶陽府的寧州翻越橫嶺進入延安府，到鄜州與主力會合；東路則以楊文岳的保定兵、劉澤清的山東兵為主，自西安向東出發，經臨潼，入渭南，至同州，澄城，翻越麻陂山進入延安府境內，占領洛川，進入鄜州與主力會合。
因為闖軍都已經北撤，所以孫傳庭的大軍一路勢如破竹，將被闖軍占領的州縣全都收復了。
數日之后，三路大軍盡皆進入延安府境內。
然而就在進入延安府之后，各路大軍就遭遇到了闖軍。
首先是東路軍，這一路軍的力量本來就是最弱的，在孫傳庭的計劃中不過是奇兵而已，所起到的只是牽制和戰略配合的作用。
然而沒想到這一路軍剛剛過了山口，卻發現前面的一大片開闊地帶，闖軍的騎兵早已經準備就緒，隨后那支騎兵往來縱橫沖突，很快就東路軍的陣型沖擊得七零八落。