正黃旗（45牛錄）：努爾哈赤
鑲黃旗（20牛錄）：努爾哈赤
正紅旗（25牛錄）：努爾哈赤次子代善
鑲紅旗（26牛錄）：代善長子岳托
鑲藍旗（33牛錄）：努爾哈赤同母弟舒爾哈齊次子阿敏
正藍旗（21牛錄）：努爾哈赤第五子莽古爾泰
正白旗（25牛錄）：努爾哈赤第八子皇太極
鑲白旗（15牛錄）：努爾哈赤長子褚英長子杜度。
八旗第二代目
皇太極時期八旗旗主：
正黃旗、鑲黃旗：皇太極
正藍旗：豪格，阿巴泰
鑲藍旗：濟爾哈朗
正紅旗：代善
鑲紅旗：岳托，碩托
正白旗：多鐸
鑲白旗：阿濟格，多爾袞
多爾袞時期的八旗旗主：
正黃旗、鑲黃旗：順治帝
兩白旗：多爾袞；
正紅旗：滿達海，勒克德渾
鑲紅旗：羅科鐸，尼堪、碩塞
正藍旗：多尼，阿濟格等
鑲藍旗：濟爾哈朗
八旗第三代目
順治帝之后八旗旗主趨于固定：
兩黃旗（正黃旗、鑲黃旗）、正白旗：由皇帝單獨統領
鑲白旗：豪格后裔統領。
正紅旗：代善后裔統領。
鑲紅旗：岳托（代善的兒子）、碩塞（皇太極兒子）、褚英（努爾哈赤長子，皇太極和代善的大哥）后裔統領。
正藍旗：阿巴泰、多鐸后裔統領。
鑲藍旗：濟爾哈朗后裔統領。
歷朝歷代皇帝都在削弱八旗旗主的權利：
康熙時期八旗旗主的權利基本被都統所代替，一直到道光時期，八旗完全被皇帝掌控。
八旗旗主權利未被架空之前，權利極大。
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