這是曹操人生嶄露頭角的開始。
中平元年，黃巾爆發，曹操被拜為騎都尉，受命與皇甫嵩等人合軍進攻潁川的黃巾軍，結果大破黃巾軍，斬首數萬級，隨之遷為濟南相。
濟南相任內，曹操治事如初。濟南國有縣十余個，各縣長吏多依附貴勢，貪贓枉法，無所顧忌。
曹操之前歷任國相皆置之不問，曹操到職，大力整飭，一下奏免十分之八的長吏，濟南震動，貪官污吏紛紛逃竄。
朝廷封曹操為議郎，曹操不肯迎合權貴，遂托病回歸鄉里，春夏讀書，秋冬弋獵，暫時隱居了。
這再次讓曹操的名望大漲。
中平六年，涼州刺史董卓進入洛陽，廢少帝，立獻帝劉協，后又殺何太后及少帝，自稱太師，專擅朝政。
曹操見董卓倒行逆施，不愿與其合作，遂改易姓名逃出京師洛陽，曹操到陳留后，“散家財，合義兵”，且首倡義兵號召天下英雄討伐董卓。
初平元年正月，袁術等人共推渤海太守袁紹為盟主，曹操任代理奮武軍，參加討董軍。
二月，被聯軍擊敗的董卓脅迫獻帝遷都長安，自己則焚毀宮室，挖開王陵，劫掠人民，致使洛陽方圓兩百里荒蕪凋敝無復人煙。
而關東聯軍懼怕董卓精銳的涼州軍的戰力，無人敢向關西推進，全都屯兵酸棗一帶。
唯有曹操一人認為董卓“焚燒宮室，劫遷天子，海內震動”，應趁機與之決戰，遂獨自引軍西進。
曹操行至滎陽汴水，與董卓大將徐榮交鋒，因為士兵數量懸殊，曹操大敗，士卒死傷大半，自己也被流矢所傷，幸得堂弟曹洪所救，幸免于難。
回至酸棗，曹操建議諸軍各據要地，再分兵西入武關，圍困董卓，只是關東諸侯不肯從。
關東諸軍名為討董卓，實際各自心懷鬼胎，意在伺機發展自己勢力。不久，諸軍之間發生摩擦，相互火拼。聯合軍至此解散。
初平二年，曹操在東郡大敗于毒、白繞、眭固、於扶羅等，袁紹表其為東郡太守。
初平三年，青州黃巾軍大獲發展，連破兗州郡縣，陣斬兗州刺史劉岱。
濟北相鮑信等人迎曹操出任兗州牧。曹操和鮑信合軍進攻黃巾，鮑信戰死，曹操“設奇伏，晝夜會戰”，終于黃巾擊敗。
當年冬天，獲降卒三十余萬，人口百余萬。曹操收其精銳，組成軍隊，號青州兵。
初平四年春天，曹操在匡亭六百里大追擊大敗袁術、黑山軍、南匈奴，徐州牧陶謙率軍攻入兗州南部的任城，曹操率軍征討陶謙攻克徐州十余城。
興平元年夏，呂布同張邈、張超于兗州作亂，曹操僅用三月時間就將其大敗，收攏其麾下騎卒，一時間，曹操實力爆漲。
建安元年春，曹操救援天子，斬殺李傕、郭汜為國除兩大賊。
而天子封曹操為司空，行車騎軍事，百官總己以聽。
同年，曹操奪徐州下轄五郡國，與袁術平分徐州，接著面對兩大諸侯夾擊，更是一南一北，先后將劉表、袁紹擊敗，天下諸侯無一人敢與其爭鋒。