跟隨朱慈烺前往山東的，還有內閣大臣、兵部尚書史可法，錦衣衛指揮使盧元達，錦衣衛副指揮使龍祖山等人。
江西總督袁繼咸，當下的主要職責是盯緊江西總兵劉良佐，防止劉良佐有任何的異動。
崇禎十七年，五月初八，辰時。
朱慈烺秘密從南京出發，乘坐漕船前往山東德州，其離開南京期間，朝廷的事情由內閣直接負責，內閣首輔唐王朱聿鍵總負責，南京一切照舊，除開內閣諸多大臣，六部的尚書，其余人都不知道皇上已經離開南京，前往山東了。
經過內部改裝的漕船，從南京碼頭出發，前往山東。
兩艘漕船全部由錦衣衛軍士掌控，船老大不知道船艙里面是什么人，只是負責撐船。
大半天時間過去，漕船來到了淮安碼頭，淮安巡撫、漕運總督吳孟明來到了漕船上面，見到了皇上，吳孟明大驚失色，連忙行跪拜禮。
朱慈烺告訴吳孟明，漕運必須要保持暢通，漕糧一定要按時運送到山東德州，整頓之后的漕運兵丁，主要職責就是護衛漕運的安全，以往各個漕運碼頭存在的諸多幫派，若是能夠聽從官府的調度安排，服務于漕運，從中賺取錢財，不用理睬，若是打著幫派的名聲，暗地里壟斷地方漕運，甚至是搶劫漕糧貨物，則要堅決予以剿滅，不管牽涉到誰，都不能夠手軟。
經過數月時間整頓，漕運的情形大為改善，工部將清理漕運河流作為主要的工程之一，已經投入一百多萬兩白銀，漕運總督府則是重點整頓漕運秩序，斬斷了很多伸向漕運的黑手，不過朱慈烺知道，冰凍三尺非一日之寒，漕運存在的諸多弊端，還要更進一步的清理，而這種全面的清理，與整頓吏治緊密相關，須知每個利益集團的背后，都是一大群的官吏。
漕船沒有在淮安碼頭停留，直接前往徐州。
五月十二日，辰時，漕船抵達徐州。
對于漕船的速度，朱慈烺不是很滿意，南京距離徐州七百里地左右，若是走陸路，快馬加鞭最快三天至四天時間，不過他不能苛求，天黑之后漕船必須要拋錨歇息，白天的時候，河面上來來往往的漕船和商船數量不少，有時候需要等待避讓，船老大已經盡了最大的力，白天幾乎都沒有歇息。