隨著時間的流逝，宇智波與村子的矛盾愈發尖銳。
而他也由于加入暗部后而表現出來的出色才能，被調到了志村團藏所率領的“根”。
在這期間，他不但承擔著宇智波一族與村子溝通的橋梁，更是作為木葉和宇智波的雙重間諜而往來于兩者之間。
終于，到了一族即將發動政變的日子。
宇智波止水，外號“瞬身止水”，被無數人譽為一族的最強者。
即使是天才如鼬也比不過他的風頭。
他是族人發動政變的巨大依仗，可大家不知道的是，止水并不想讓一族走上這條路。
他的萬花筒寫輪眼，有著“別天神”這一最強幻術。
只要施展別天神，就能永久改變人的意志。
他已經做好了在最危急的時刻使用別天神催眠宇智波富岳的準備。
可誰知，志村團藏居然使用卑鄙的手段，奪去了止水的右眼。
止水終于意識到，即使他使用別天神改變宇智波富岳的意志，一族和村子的矛盾也不會消減。
于是他找到了鼬，將左眼托付給鼬，隨后便跳崖自殺了。
鼬失去了這世上最后一個好友，村子，一族，朋友，處在旋渦中的他感受到了巨大的悲痛，覺醒了萬花筒寫輪眼。
而失去了止水這一強大戰力，宇智波元氣大傷，壓住了反叛的心思。
但隨著而來的，是無數人對鼬的懷疑。
他們懷疑鼬是村子的間諜，是鼬殺死了止水。
在這樣壓抑的生活下，鼬又度過了兩年。
他的萬花筒不再是一個秘密，而被村子的許多高層所熟知，同時，他的父親，宇智波富岳也知道了這件事。
宇智波又蠢蠢欲動起來。
父親找到了他單獨談話，想讓他幫助一族發動政變。
他猶豫著，不知道該幫助村子還是幫助家族。
最終，到了面臨選擇的那一天。
他見到了宇智波泉，見到了佐助，他又想起了那個溫柔的下午。
這讓他下定了決心。
這次，他要站在家族這邊。
他和父親聯手，一同發動政變，兩雙萬花筒的威力是常人難以匹敵的。
但誰知，村子早有準備。
日向家的白眼、豬鹿蝶的完美配合、油女一族無孔不入的蟲子...
村子的底蘊遠比他們想的要深。
除了能展開須佐能乎的宇智波鼬和富岳和宇智波富岳，其他人都死在了這場動亂里。
宇智波鼬在無數木葉忍者的圍攻下力竭。
親人朋友的尸體擺在四周，他的眼神沒有了光。
“如果這是一場夢就好了...”
尖刀刺入的他五臟，將他整個人支起來。
一切都結束了。
可忽然，他眼前的光景再度一變。
“這里是？”他迷茫地看著自己的手。
這雙手顯得十分稚嫩，估計連一個成年人的脖子都不能攥住。
“終于醒了啊，先好好調整一下吧。”一個女聲傳入耳中，“本來只是想讓你看一場電影的，可沒想到術式和你的瞳術發生了這么奇妙的變化，寫輪眼這玩意果然是個好東西。”